发包人发现承包人转包后，结算问题需根据具体情况分情况处理，核心原则是转包行为可能影响结算的合法性及款项支付方式。以下是具体分析：

1. 若转包行为被认定为无效

根据《民法典》第七百九十一条及《建筑法》第二十八条，承包人未经发包人同意转包工程的，转包合同无效。此时：

• 结算依据：发包人可主张按实际施工人（即实际完成工程的一方）与承包人之间的约定结算，但需以实际施工人完成的工程量为准。
• 风险点：若实际施工人资质不足或工程质量不达标，发包人可能需通过法律程序主张质量修复费用或减少支付工程款。
• 建议：发包人应立即固定转包证据（如转包合同、付款记录等），并委托第三方机构对已完工部分进行质量鉴定及工程量核算，为后续结算或诉讼提供依据。

2. 若转包行为未被明确禁止（如发包人默许）

若发包人明知或应知承包人转包但未提出异议，可能被视为默认同意转包。此时：

• 结算依据：发包人仍需按与承包人的原合同约定结算，但可要求承包人协调实际施工人配合完成验收、交付等义务。
• 风险点：若实际施工人索要工程款，发包人可能面临被实际施工人直接起诉的风险（依据《建设工程司法解释一》第四十三条）。
• 建议：发包人应要求承包人出具书面承诺，明确由承包人承担转包后的全部责任（如质量、工期、债务等），并保留向承包人追偿的权利。

3. 若转包导致工程未完工或质量不合格

无论转包是否有效，若工程因转包未完工或质量不达标，发包人有权：

• 拒绝支付剩余工程款：直至承包人完成修复或返工并验收合格。
• 主张违约金或损失赔偿：若合同约定了转包违约金或因转包导致工期延误、质量问题的损失，发包人可一并主张。
• 建议：发包人应立即发出书面通知要求承包人限期整改，并同步收集损失证据（如延期交房的违约金、第三方修复费用等），为后续索赔做准备。

4. 实务操作建议

• 第一步：固定证据：收集转包合同、付款记录、沟通记录等，证明转包事实。
• 第二步：委托鉴定：对已完工部分的质量、工程量进行鉴定，明确结算基础。
• 第三步：协商或诉讼：根据证据情况，优先与承包人协商结算方案；若协商不成，及时起诉并申请财产保全，防止承包人转移资产。

总结：发包人发现转包后，结算的核心是“以实际施工成果为依据，以合同约定为框架，以法律规则为底线”。建议根据转包是否有效、工程是否合格等具体情况，选择最有利的结算路径，并同步防范法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。