结论：房租先签了有偿使用合同，后又签了补充协议无偿使用，确实存在一定的风险，这些风险主要来源于合同内容的变更可能引发的法律纠纷以及实际操作中的不确定性。以下是对这些风险的详细分析：
一、合同变更的法律风险
合同变更的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以协商一致变更合同内容。因此，从法律层面讲，如果双方确实达成了无偿使用的合意，并且这一变更不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种变更是合法的。
合同变更的书面形式：
- 为了确保合同变更的合法性和有效性，建议双方将变更内容以书面形式固定下来，作为原合同的补充协议。这样，在发生纠纷时，可以明确双方的权利和义务，减少争议。
合同变更后的履行：
- 合同变更后，双方应按照新的约定履行义务。如果一方未按照变更后的合同履行，可能构成违约，需要承担相应的法律责任。
二、实际操作中的风险
租金支付问题：
- 如果补充协议中明确约定了无偿使用，那么承租人无需支付租金。但是，如果双方对“无偿使用”的理解存在分歧，或者补充协议的表述不够明确，可能导致出租人认为承租人仍应支付租金，从而引发纠纷。
房屋使用和维护：
- 即使是无偿使用，承租人也有义务合理使用房屋，并承担必要的维护责任。如果承租人未尽到这些义务，导致房屋损坏或价值减损，出租人可能要求承租人承担赔偿责任。
合同解除和终止：
- 在无偿使用的情况下，双方可能对合同的解除和终止条件没有明确约定。这可能导致在需要提前解除或终止合同时，双方无法达成一致意见，进而引发纠纷。
三、风险防范建议
明确补充协议内容：
- 在签订补充协议时，应明确约定无偿使用的期限、条件、双方的权利和义务等关键内容。确保协议表述清晰、准确，避免产生歧义。
保留相关证据：
- 双方应保留与合同变更相关的所有证据，包括书面协议、沟通记录等。这些证据在发生纠纷时将起到关键作用。
及时咨询专业律师：
- 如果在合同变更过程中遇到任何疑问或困惑，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方规避风险。
总结与启示：房租先签了有偿使用合同后又签补充协议无偿使用确实存在风险。为了降低这些风险，双方应明确补充协议的内容、保留相关证据，并在必要时及时咨询专业律师。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。