结论前置：在建设工程合同纠纷中，参照类似合同单价计算工程款，主要依据的是合同中的计价方式条款以及相关法律法规的规定。以下从不同角度详细阐述：
一、合同计价方式条款的依据
固定单价合同：
- 在固定单价合同中，双方会约定一个固定的单价，该单价不因市场价格波动而调整。工程款则根据实际完成的工程量乘以固定单价来计算。
- 法律依据：虽然《民法典》等法律法规未直接规定固定单价合同的具体条款，但根据《民法典》第七百八十八条“建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同”的原则，双方有权在合同中约定计价方式，包括固定单价。
类似合同单价的参照：
- 如果原合同中未明确约定某些项目的单价，但存在类似项目的单价，双方可以参照类似项目的单价进行计算。这种参照通常基于公平、合理的原则，并考虑项目的相似性、市场行情等因素。
- 实践操作：在参照类似合同单价时，应确保所参照的单价与待计算项目在性质、规模、难度等方面具有相似性，且该单价在合同中是明确且合理的。
二、相关法律法规的规定
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第五百一十条：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。”在建设工程合同中，如果价款约定不明确，双方可以参照类似合同单价进行协商补充。
- 同时，《民法典》第七百九十三条也规定了建设工程施工合同无效时的价款结算原则，即“建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。”这在一定程度上也支持了参照合同单价进行计算的做法。
《建设工程施工合同（示范文本）》的规定：
- 《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）中详细规定了价款调整、支付程序等条款，包括单价合同的价款调整方式。虽然示范文本不具有强制性，但为双方提供了合理的参考框架。
三、实际操作中的建议
明确合同条款：
- 在签订建设工程合同时，双方应尽可能明确各项工程的单价、计价方式、调整机制等条款，以减少后续纠纷的可能性。
保留相关证据：
- 在施工过程中，双方应保留好与工程价款相关的证据，如工程量清单、验收报告、变更通知等，以便在需要时进行参照和计算。
及时沟通协商：
- 如果双方在工程价款计算上存在分歧，应及时进行沟通协商，寻求合理的解决方案。必要时，可以委托第三方造价机构进行审计或评估。
举例说明：假设在一个建设工程合同中，双方约定了土方工程的固定单价为每立方米100元。在施工过程中，由于设计变更增加了部分土方工程量，但合同中未明确约定新增土方的单价。此时，双方可以参照原合同中土方工程的固定单价进行计算，即新增土方的工程款等于新增土方工程量乘以每立方米100元。
总结：在建设工程合同纠纷中，参照类似合同单价计算工程款是合法且合理的做法。双方应在合同中明确计价方式条款，并在施工过程中保留好相关证据。如有分歧，应及时沟通协商并寻求合理的解决方案。如果您在建设工程合同纠纷中遇到任何问题，可以直接向我咨询。