针对您提出的“公益性岗位查出有营业执照怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，公益性岗位是政府为了帮助就业困难群体并实现社区及居民公共利益而设立的非营利性、社会服务性岗位。因此，公益性岗位人员持有营业执照并从事经营活动，是违背了公益性岗位的初衷和规定的。

一、岗位资格与合同处理

1. 丧失岗位资格：一旦公益性岗位人员被查出持有营业执照并从事经营活动，他们很可能被认为不符合公益性岗位的要求，从而面临被解除聘用合同的风险，失去当前的工作岗位。

2. 合同处理措施：用人单位在发现此类情况后，会依据内部管理规定和相关法律法规进行调查。可能的处理措施包括要求相关人员解释情况、暂停或终止劳动合同等。

二、经济利益与补贴追回

1. 追回补贴资金：公益性岗位的运营往往依赖于政府的财政补贴。如果发现岗位人员持有营业执照从事经营活动，相关部门可能会判定其不符合继续享受补贴的资格，并要求退回已发放的补贴资金。在情节严重的情况下，还可能面临罚款等经济处罚。

2. 赔偿问题：关于赔偿，这通常取决于具体的合同条款和用人单位的规定。如果合同中明确规定了因违反规定而需要赔偿的条款，那么相关人员可能需要按照合同进行赔偿。如果没有明确规定，用人单位可能会根据实际情况和损失程度来决定是否要求赔偿以及赔偿的金额。

三、个人诚信与法律责任

1. 个人诚信受损：持有营业执照并从事经营活动违背了申请公益性岗位时的诚信原则，这将在个人信用记录上留下不良记录，对未来的贷款、求职、社会活动等产生负面影响。

2. 法律责任风险：如果在持有营业执照的经营活动中存在不正当竞争、偷税漏税、虚假宣传等违法违规行为，相关人员将面临相应的法律责任追究，包括但不限于补缴税款、滞纳金、罚款以及可能的刑事处罚。

四、建议与总结

1. 严格遵守规定：作为公益性岗位人员，应严格遵守相关规定，避免从事与岗位无关的商业活动，以维护个人权益和公益性岗位的设置初衷。

2. 加强监管：用人单位也应加强监管力度，确保公益性岗位的规范运行，及时发现并处理违规行为。

3. 咨询与沟通：如果您对具体情况或赔偿问题有疑问，建议及时与用人单位或相关部门进行沟通咨询，以获取更准确和详细的信息。

综上所述，公益性岗位人员持有营业执照并从事经营活动将面临多重严重后果，包括丧失岗位资格、经济处罚、个人诚信受损以及法律责任风险等。因此，请务必严格遵守相关规定，避免此类情况的发生。