公司员工盗窃公司资金，立案标准主要依据盗窃金额以及特殊盗窃情形来确定，具体如下：
一、基于盗窃金额的立案标准
全国层面的一般标准：
- 根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》，盗窃公私财物价值一千元至三千元以上、三万元至十万元以上、三十万元至五十万元以上的，应当分别认定为“数额较大”、“数额巨大”、“数额特别巨大”。这是全国性的统一标准，适用于大多数情况。
地方层面的具体标准：
- 各省、自治区、直辖市高级人民法院、人民检察院可以根据本地区经济发展状况及社会治安状况，在全国性标准规定的数额幅度内，确定本地区执行的具体数额标准，并报最高人民法院、最高人民检察院批准。例如，经济发达地区可能将立案标准设定为两千元或三千元，而经济发展相对较慢的地区则可能为一千元。因此，具体立案金额可能因地区而异。
二、特殊盗窃情形的立案标准
除了基于金额的立案标准外，还存在一些特殊盗窃情形，这些情形下不以数额作为主要立案标准：
- 多次盗窃：若员工在两年内盗窃三次以上，即使每次盗窃金额较小，累计金额未达到当地规定的数额标准，也可能构成盗窃罪而被立案追诉。
- 入户盗窃：员工非法进入供他人家庭生活，与外界相对隔离的住所进行盗窃，不论盗窃数额多少，都可能被立案。
- 携带凶器盗窃：员工携带枪支、爆炸物、管制刀具等国家禁止个人携带的器械盗窃，或者为了实施违法犯罪携带其他足以危害他人人身安全的器械盗窃，即使盗窃金额很少，也会被立案处理。
- 扒窃：在公共场所或公共交通工具上，员工盗窃他人随身携带的财物，不论金额多少，都符合立案标准。
三、法律后果与应对建议
法律后果：
- 根据《中华人民共和国刑法》的规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。具体刑罚将根据盗窃金额、情节严重程度以及被告人的悔罪表现等因素来综合判定。
应对建议：
- 公司方面：一旦发现员工有偷盗行为，公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据材料，如监控录像、财务记录等，以便公安机关及时立案侦查。
- 员工方面：如果员工意识到自己的行为可能构成犯罪，应尽快向公司坦白并归还盗窃的资金，争取从轻处理。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。
总结来说，公司员工盗窃公司资金的立案标准并非固定不变，而是根据盗窃金额和特殊盗窃情形来综合判断。公司应依法维护自身权益，及时向公安机关报案并配合调查处理；员工则应遵守法律法规，避免触犯法律红线。如果你或公司遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。