关于没有土地合同的1999年经营权证是否有效的问题，结论需分情况讨论：

1. 经营权证本身的效力

   • 若经营权证系依法颁发：根据《农村土地承包法》（2003年实施，但1999年政策延续性较强）及当时政策，农村土地承包经营权证是承包方取得土地承包经营权的法律凭证。即使未签订书面土地合同，若经营权证记载内容（如发包方、承包方、土地名称、坐落、面积、用途、承包期限等）完整，且发包程序合法（如经村民会议或村民代表会议讨论通过），该经营权证仍具有法律效力。
   • 若经营权证存在瑕疵：如未明确承包期限、土地四至不清，或发包程序违法（如未履行民主议定程序），则可能因内容不完整或程序违法导致效力存疑。此时需结合其他证据（如村民会议记录、土地台账等）综合判断。

2. 土地合同缺失的影响

   • 合同与经营权证的关系：土地承包合同是承包方与发包方建立承包关系的依据，而经营权证是承包关系的法律确认。根据《农村土地承包法》第二十三条，承包合同自成立之日起生效，承包方自合同生效时取得土地承包经营权；县级以上地方人民政府应向承包方颁发土地承包经营权证，并登记造册，确认土地承包经营权。因此，合同是经营权证颁发的前提，但经营权证一经颁发，即具有独立法律效力。
   • 合同缺失的补救：若未签订书面合同，但实际履行了承包义务（如耕种土地、缴纳承包费），且发包方未提出异议，可视为事实承包关系。此时可依据《民法典》第四百六十九条（书面形式不是合同成立的唯一要件）及《农村土地承包法》第五十一条（因土地承包经营发生纠纷的，可协商、调解、仲裁或诉讼），通过补充签订合同或提供履行证据（如缴费凭证、证人证言等）完善权利依据。

3. 特殊情形下的效力认定

   • 政策性发包：1999年前后，部分地区因二轮土地承包政策调整，可能存在“口头发包”或“简易程序”发包的情况。若符合当时政策（如“大稳定小调整”原则），且经营权证经县级政府盖章确认，即使无书面合同，仍可能被认定为有效。
   • 争议解决途径：若对经营权证效力产生争议，可申请农村土地承包仲裁委员会仲裁，或直接向法院起诉。仲裁或诉讼中，法院将综合审查发包程序、合同履行情况、经营权证记载内容等，判断其效力。

法律建议：

• 核实经营权证内容：检查证件是否加盖县级政府公章，记载事项是否完整（尤其是承包期限，1999年二轮承包期限一般为30年）。
• 补充证据链：若合同缺失，收集土地耕种记录、承包费缴纳凭证、村民或村集体认可的书面材料等，证明实际承包关系。
• 咨询专业律师：若涉及拆迁补偿、土地流转等利益纠纷，建议携带经营权证及相关证据，委托律师分析效力及维权策略。

可能后果：

• 若经营权证有效且无争议，可依法主张土地承包经营权（如拒绝非法收回、要求补签合同等）。
• 若经营权证存在瑕疵或合同缺失导致效力存疑，可能面临土地被收回、补偿利益受损等风险，需通过法律程序补正权利依据。