结论：在合同乙方提交履约保函后出现违约责任时，扣罚违约金的方式通常取决于保函的具体条款以及合同中的相关约定。一般来说，如果保函中明确规定了违约金的扣除方式和条件，那么应按照保函的约定执行；如果保函未明确规定，则需依据合同条款以及相关法律法规进行处理。

详细分析：

1. 保函条款的优先性：

   • 履约保函是乙方为保证合同履行而向甲方提供的一种担保方式。保函中通常会明确约定在乙方违约时，甲方有权按照保函的约定扣除相应的违约金或赔偿金。
   • 因此，如果保函中明确规定了违约金的扣除方式和条件，如扣除比例、扣除时间等，那么甲方应直接按照保函的约定执行。

2. 合同条款的补充作用：

   • 如果保函中未明确规定违约金的扣除方式和条件，或者保函的约定与合同条款存在冲突，那么应依据合同条款进行处理。
   • 合同中通常会包含关于违约责任的条款，明确乙方在违约时应承担的责任和赔偿方式。甲方可以根据合同条款，要求乙方支付违约金或赔偿金，并有权从乙方提交的履约保函中扣除相应金额。

3. 法律法规的适用：

   • 在处理违约责任时，还需考虑相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国民法典》中关于合同违约责任的规定，以及关于担保物权实现的规定等。
   • 如果保函和合同条款均未明确规定违约金的扣除方式和条件，或者存在争议，那么甲方可以依据相关法律法规，通过法律途径解决争议，并要求乙方承担相应的违约责任。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在扣除违约金前，甲方应确保乙方的违约行为已经得到确认，并且扣除行为符合保函和合同条款的约定。
   • 甲方应保留好相关证据，如违约通知、保函副本、合同条款等，以便在需要时提供证明。
   • 如果乙方对扣除行为有异议，甲方应积极与乙方沟通协商，或者通过法律途径解决争议。

建议：

• 在签订合同时，双方应明确约定违约责任和赔偿方式，以及履约保函的具体条款和扣除方式，以避免后续争议。
• 如果发生违约行为，甲方应及时通知乙方，并按照保函和合同条款的约定处理违约责任。
• 如果遇到复杂或争议较大的情况，建议甲方及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。

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