委托定制开发的系统，其著作权归属问题主要依据委托人和受托人之间的合同约定来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
有约定的情况：
- 当委托人和受托人在委托开发合同中明确约定了著作权的归属时，应严格按照合同的具体条款来确定著作权的归属。这包括双方可能约定的所有著作权项，如发表权、署名权、修改权、保护作品完整权、复制权、发行权等。例如，若合同中明确约定著作权归委托人所有，则委托人将享有该系统的所有著作权权利；反之，如果约定归受托人，则受托人拥有相应权利。
没有约定或约定不明的情况：
- 在委托开发合同中没有明确约定著作权归属或者约定不明确的情况下，根据《中华人民共和国著作权法》的相关规定，著作权默认归属于受托人，即实际完成系统开发的一方。这是因为受托人付出了创造性劳动，是系统的直接创作者。
- 尽管著作权归属于受托人，但委托人仍可在双方约定的使用范围内，或在没有约定使用范围时，在委托开发的特定目的范围内免费使用该系统。例如，若甲公司委托乙软件公司开发一套管理系统，若未约定著作权归属，则乙软件公司拥有著作权，但甲公司可在其业务范围内免费使用该系统。
特殊情况：
- 如果受托人在开发过程中主要利用了委托人的物质技术条件，并且双方没有就著作权的归属进行约定，那么在这种情况下，著作权将归属于委托人。这是因为委托人提供了必要的开发条件和支持，有权获得相应的著作权回报。但这种情况相对较少见，且需要具体证据来支持。
法律建议：
- 明确约定：在签订委托开发合同时，双方应就著作权的归属问题进行充分协商，并在合同中作出明确的约定。这有助于避免后续可能出现的版权纠纷，确保双方的权益和义务得到明确界定。
- 详细条款：合同中应详细规定著作权的具体归属情况，包括是否共同享有、使用权或许可权的范围和内容等。这些条款的明确性对于保障合同的执行和双方的合作至关重要。
- 保留证据：合同签订后，双方应妥善保管合同原件及相关证据材料，如开发过程中的沟通记录、技术文档等，以便在发生纠纷时能够迅速有效地维护自己的合法权益。
总结：委托定制开发的系统著作权归属问题，核心在于双方是否有明确的合同约定。有约定从约定，无约定或约定不明则默认归受托人，但委托人享有一定范围内的免费使用权。同时，需特别注意受托人利用委托人物质技术条件开发的特殊情况。在处理此类问题时，应仔细审查合同条款，明确双方权利义务，以避免潜在的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。