若监理公司内部承包协议存在违法情形，首先应明确违法点，再根据不同情况采取相应措施，包括协商修改、终止协议、寻求行政救济或通过司法途径解决。具体分析如下：

1. 明确违法点

   • 违反法律法规强制性规定：需审查协议内容是否违反了《建筑法》《招标投标法》《合同法》（现为《民法典》合同编）等相关法律法规的强制性规定。例如，若协议中约定了转包、违法分包或规避招标等行为，则属于违法。
   • 损害社会公共利益：若协议内容损害了社会公共利益，如工程质量安全、环境保护等，也可能被认定为违法。
   • 违反公司内部规章制度：虽然公司内部规章制度不直接等同于法律法规，但若协议违反了公司章程或内部管理规定，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，也可能引发内部纠纷。

2. 协商修改或终止协议

   • 协商修改：若违法点不严重，且双方均有意愿继续合作，可通过协商修改协议内容，使其符合法律法规和公司内部规章制度的要求。
   • 终止协议：若违法点严重，或双方无法就修改协议达成一致，可考虑终止协议。终止协议时，应明确终止的原因、责任承担及后续处理事宜，避免引发新的纠纷。

3. 寻求行政救济

   • 向相关部门举报：若协议违法涉及行政违法行为，如转包、违法分包等，可向建设行政主管部门或其他相关部门举报，要求其对违法行为进行查处。
   • 申请行政复议或提起行政诉讼：若对行政部门的处理结果不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。

4. 通过司法途径解决

   • 提起民事诉讼：若协议违法导致一方遭受损失，受损方可依法向人民法院提起民事诉讼，要求违约方承担赔偿责任。
   • 申请仲裁：若协议中约定了仲裁条款，且该条款有效，双方可依据仲裁条款向约定的仲裁机构申请仲裁，解决纠纷。

建议：在处理监理公司内部承包协议违法问题时，应首先咨询专业律师，对协议内容进行全面审查，明确违法点及可能面临的法律风险。根据违法点的性质和严重程度，选择合适的解决方式，以维护自身合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。