结论：子公司被母公司合并后，一般不可以只做工商主体变更而不注销子公司。不过，也存在一些特殊情况或操作方式可能使得子公司形式上继续存在，但需满足特定条件并遵循严格的法律程序。以下从不同角度进行分析：
一、常规法律程序下的合并与注销要求
合并的法律效果：
- 根据《公司法》及相关规定，公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。在吸收合并中，被吸收的公司（即子公司）解散，其法人资格消灭，而吸收公司（即母公司）继续存在。
- 合并完成后，子公司的债权、债务由合并后存续的母公司承继。这是合并的法律后果，也是保护债权人利益的重要原则。
注销的必要性：
- 子公司作为独立的法人实体，在合并后其法人资格消灭，因此需要进行注销登记。这是公司法规定的法定程序，也是子公司终止存在的必要步骤。
- 如果不进行注销登记，子公司可能继续被视为存在，从而引发一系列法律问题，如税务、债务承担等。
二、特殊情况下的操作方式
保留子公司名义的特殊安排：
- 在某些特殊情况下，如为了保持品牌、业务连续性或满足特定监管要求，母公司可能希望保留子公司的名义。然而，这并不意味着子公司可以继续作为独立法人实体存在。
- 一种可能的操作方式是，母公司在合并后将子公司的业务、资产等全部转入母公司或母公司设立的新实体中，而子公司本身则进行清算并注销。但在此过程中，可以通过一些商业安排（如品牌授权、业务转移协议等）来保持子公司的名义在市场上的存在。
分立与合并的结合使用：
- 在极少数情况下，如果合并涉及复杂的业务结构或资产重组，母公司可能会考虑先对子公司进行分立，将部分业务或资产分立到新的实体中，然后再进行合并。然而，这种操作方式非常复杂且风险较高，需要严格遵守相关法律法规和监管要求。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 在进行子公司合并时，母公司应咨询专业律师或法律顾问，确保合并程序合法合规，并充分了解合并后的法律后果和责任承担。
- 如果母公司希望保留子公司的名义或品牌，应通过合法的商业安排来实现，而不是试图规避注销登记等法定程序。
风险提示：
- 如果不按照法定程序进行合并和注销登记，母公司可能面临法律责任和行政处罚。
- 保留子公司名义而不进行注销登记可能导致税务、债务承担等法律问题，给母公司带来不必要的风险和损失。
总结：子公司被母公司合并后，一般应按照法定程序进行注销登记。虽然存在一些特殊情况或操作方式可能使得子公司形式上继续存在，但这些方式需要满足特定条件并遵循严格的法律程序。因此，建议母公司在进行合并时咨询专业律师或法律顾问，确保合并程序合法合规并降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。