结论：针对水库淹没土地款被政府挪用十几年这一情况，要回款项需通过法律途径，明确责任主体，收集证据，并考虑诉讼时效问题。以下是对此问题的详细分析：
一、明确责任主体
政府部门的责任：
- 政府作为土地征收和补偿的主体，有责任确保补偿款的及时、足额发放。若政府挪用补偿款，则构成违法行为，应承担相应的法律责任。
相关责任人的责任：
- 若挪用行为是由具体政府工作人员或相关部门负责人实施的，这些个人也可能因滥用职权、贪污受贿等违法行为而承担刑事责任。
二、收集证据
土地征收文件：
- 收集与土地征收相关的所有官方文件，如征收公告、补偿方案、补偿协议等，以证明土地被征收的事实及补偿款的应发金额。
补偿款发放记录：
- 查找补偿款的发放记录，包括银行转账记录、收款凭证等，以证明补偿款是否已发放及发放的具体金额。
挪用证据：
- 收集政府挪用补偿款的证据，如政府内部的财务记录、审计报告、相关人员的证言等。这些证据可能较难获取，但可以通过申请政府信息公开、举报违法行为等方式来推动调查。
三、法律途径
行政复议：
- 若认为政府的具体行政行为（如挪用补偿款）违法，可以向上一级政府或相关行政机关申请行政复议，要求撤销或改正该行政行为，并赔偿损失。
行政诉讼：
- 若行政复议无果或对行政复议结果不满，可以向人民法院提起行政诉讼，要求法院判决政府承担相应的法律责任，并返还被挪用的补偿款。
刑事举报：
- 若发现政府工作人员或相关部门负责人存在贪污受贿等违法行为，可以向检察机关举报，要求追究其刑事责任。
四、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但在此类案件中，由于涉及政府行为，诉讼时效的计算可能更为复杂。
最长诉讼时效：
- 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。然而，在特定情况下，如存在持续侵权行为或权利人不知情等，诉讼时效可能得以延长。
中断与中止：
- 诉讼时效期间因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。同时，在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
五、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 由于此类案件涉及复杂的法律关系和证据收集，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。
保持冷静与理性：
- 在处理此类纠纷时，保持冷静与理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免加剧矛盾或影响案件处理。
关注政策动态：
- 密切关注相关政策动态和法律法规的更新，以便及时调整维权策略或利用新的法律武器来维护自身权益。
最后，要回被政府挪用的水库淹没土地款需要耐心和毅力。通过明确责任主体、收集证据、选择合适的法律途径并关注诉讼时效问题，你可以更好地维护自己的合法权益。如果你在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。