在承包人破产重整计划执行完毕后，发包人欠付的工程款原则上应按照重整计划中确定的清偿方案处理，但若存在未申报债权、清偿比例过低或合同效力争议等特殊情形，发包人仍可能面临补充清偿、调整清偿比例或通过诉讼确认债权等法律后果。具体分析如下：

一、重整计划对工程款清偿的约束力

根据《企业破产法》第92条，经法院裁定批准的重整计划对债务人和全体债权人均具有约束力。若发包人欠付的工程款已作为破产债权申报并经管理人确认，则需按照重整计划确定的清偿比例、方式（如现金、股权、债权转股权等）和时间节点履行。例如，若重整计划规定普通债权清偿比例为30%，则发包人仅需支付该比例的工程款，剩余部分视为债务豁免。

例外情形：若重整计划未明确工程款清偿方案，或发包人未申报债权（如因不知情或管理人未通知），则发包人可依据《企业破产法》第92条第2款，在重整计划执行完毕后补充申报债权，但此前已进行的清偿不再补足。

二、工程款优先受偿权的行使

根据《民法典》第807条及《建设工程司法解释（一）》第36条，承包人对工程价款享有优先受偿权，且该权利优先于抵押权和其他债权。若承包人在破产程序中未主张优先受偿权，或重整计划未充分考虑该权利，发包人可能面临以下风险：

1. 优先权追索：若承包人或其他权利人在重整计划执行完毕后发现工程款未被优先清偿，可能通过诉讼主张撤销重整计划中损害优先权的条款，要求发包人补足差额。
2. 清偿比例调整：若重整计划因未考虑优先权导致普通债权人清偿比例过高，法院可能依据《企业破产法》第93条裁定终止重整计划执行，并宣告债务人破产，此时工程款将按破产清算程序优先受偿。

三、合同效力与工程款结算争议

若发包人与承包人存在工程质量、工期等争议，导致工程款金额未最终确定，需分情况处理：

1. 争议已解决：若争议在重整计划执行前已通过诉讼、仲裁或协商解决，工程款金额以生效法律文书或协议为准，发包人按重整计划清偿。
2. 争议未解决：若争议在重整计划执行完毕后才暴露，发包人可依据《民法典》第577条主张承包人违约责任（如扣减工程款、赔偿损失），但需注意破产程序对债务人责任范围的限制（如仅以债务人财产为限）。

四、实务建议

1. 发包人角度：
   • 在破产程序中主动申报债权，并明确主张工程款优先受偿权；
   • 审核重整计划中工程款清偿方案是否合法合规，避免因程序瑕疵导致后续纠纷；
   • 保留工程款结算依据（如合同、验收单、付款凭证等），以应对可能的争议。
2. 承包人角度：
   • 在重整计划中明确工程款优先受偿权的行使方式及期限；
   • 监督发包人按重整计划履行清偿义务，必要时申请法院强制执行；
   • 若发现发包人恶意拖欠或转移财产，及时通过诉讼保全财产。

如需进一步分析具体案件中的工程款清偿问题，可直接向我咨询，我会结合合同条款、破产程序进展及证据材料提供针对性建议。