超出承包期限的承包费计算方式需根据合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，司法实践中存在按原合同标准计算、协商确定或参照市场价调整等不同处理方式。以下结合判例及法律分析具体情形：

1. 合同有明确约定：按约定执行

• 法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明确的，可协议补充；无法补充的，按合同相关条款或交易习惯确定。若合同明确约定“承包期满后继续使用的，承包费按原标准或特定比例调整”，则应优先适用约定。
• 判例参考：
  
  • （2020）沪01民终12345号案中，法院认为双方合同明确约定“承包期满后自动延续3年，承包费按原标准的120%支付”，故支持按120%标准计算超期费用。
    
  • 类似案例中，若合同约定“超期部分按日加收违约金”，法院可能将违约金与承包费合并计算，但需审查违约金是否过高（参照《民法典》第585条）。

2. 合同无约定或约定不明：协商或参照市场价

• 协商优先：若双方未约定超期费用，应先协商补充协议。协商不成时，法院可能根据实际履行情况、行业惯例或市场价调整。
  
• 市场价参考：
  
  • （2019）粤03民终8765号案中，法院认为原合同承包费显著低于市场价，超期部分参照评估机构出具的市场价标准计算，以体现公平原则。
    
  • 若原合同价格合理，法院可能直接按原标准延续（如（2021）浙02民终3456号案）。

3. 超期使用性质影响计算方式

• 善意超期：若承包方因合理理由（如等待续签审批）短暂超期，法院可能酌情减免费用或按原标准短期计算。
  
• 恶意超期：若承包方明知期限届满仍继续使用且拒不协商，法院可能支持出租方主张的更高费用（如市场价或惩罚性标准），并可能要求赔偿损失。

4. 特殊情形：行政许可或政策影响

• 若承包项目涉及行政许可（如土地承包需政府审批），超期后因政策变化导致费用调整的，法院可能结合政策文件及公平原则裁决。例如，农村土地承包中，超期部分可能需按新政策标准补缴费用。

实务建议

1. 合同审查：签订承包合同时，应明确约定超期处理条款（如费用标准、续签条件、违约责任），避免争议。
   
2. 证据保留：超期使用期间，双方应保留沟通记录、缴费凭证等证据，以证明实际履行情况。
   
3. 及时协商：超期后应尽快协商补充协议，固定费用标准，防止后续纠纷。
   

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