结论前置：
- 未取得建筑工程施工许可证擅自开工建设基桩，罚款并非直接按基桩金额进行处罚，而是根据《建筑工程施工许可管理办法》的规定，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下的罚款，对施工单位处3万元以下的罚款。
- 具体的罚款数额将由相关主管部门根据实际情况决定，并可能伴随责令停止施工、限期改正等其他处罚措施。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，将受到责令改正、责令停止施工及可能处以罚款的处罚。
- 《建筑工程施工许可管理办法》第十二条进一步明确了处罚措施，对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，并对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款，对施工单位处3万元以下罚款。
罚款计算方式：
- 对于建设单位，罚款的计算基数是工程合同价款，罚款比例为1%以上2%以下。这意味着，罚款数额将取决于工程合同的总金额，而非仅仅是基桩部分的金额。
- 对于施工单位，罚款则是固定的，最高不超过3万元，与基桩金额无直接关联。
实际执行与考虑因素：
- 在实际执行中，相关主管部门会综合考虑多种因素，如违规行为的严重程度、对工程项目的影响、是否造成安全隐患等，来决定具体的罚款数额。
- 除了罚款外，违规者还可能面临责令停止施工、限期改正等处罚措施，这些措施旨在确保工程项目的合法性和安全性。
特殊情况与免责条款：
- 根据《建筑工程施工许可管理办法》第十条，如果发证机关及其工作人员的原因导致建设单位未能及时取得施工许可证而施工，建设单位和施工单位将不会受到上述罚款处罚。但这种情况较为特殊，且需要建设单位和施工单位能够提供充分的证据证明发证机关的责任。
法律建议：
- 严格遵守法律法规：建设单位和施工单位应严格遵守相关法律法规，按照规定程序申请施工许可证，确保工程项目的合法合规进行。
- 及时咨询与沟通：在申请施工许可证过程中，如遇到任何问题或困难，应及时与相关主管部门进行沟通咨询，以避免因误解或疏忽而导致的违规行为。
- 积极应对处罚：如因违规行为而面临处罚，建设单位和施工单位应积极配合相关主管部门的调查和处理工作，及时采取措施进行整改和补救，以减轻处罚后果。
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