结论：公司将自家自建房的预付款用于别家，这一行为是否合法，需根据具体情况进行判断，但通常情况下，这种行为可能涉及违法或违规，具体分析如下：
一、资金用途的合法性分析
合同约定：
- 如果公司与供应商或承包商在合同中明确约定了预付款的用途，即仅用于自家自建房的建设，那么公司将该预付款用于别家，显然违反了合同约定，可能构成违约。
资金监管：
- 在自建房项目中，预付款通常受到严格的监管，以确保资金用于项目的实际建设。如果公司将预付款挪作他用，可能违反了相关的资金监管规定，面临行政处罚或法律责任。
公司财务制度：
- 公司内部通常有严格的财务制度，规定资金的用途和审批流程。如果公司未经合法程序，擅自将预付款用于别家，可能违反了公司财务制度，甚至可能构成职务侵占或挪用资金等违法行为。
二、可能涉及的法律后果
违约责任：
- 如果公司违反了与供应商或承包商的合同约定，将预付款用于别家，可能面临违约责任，包括赔偿对方因此遭受的损失。
行政处罚：
- 如果公司的行为违反了相关的资金监管规定，可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果公司的行为构成职务侵占或挪用资金等犯罪行为，相关责任人员可能面临刑事责任，包括有期徒刑、罚金等。
三、建议与措施
审查合同：
- 公司应首先审查与供应商或承包商的合同，明确预付款的用途和约定，确保资金的使用符合合同要求。
加强资金监管：
- 公司应建立健全的资金监管制度，确保预付款等项目资金专款专用，避免挪作他用。
完善内部财务制度：
- 公司应完善内部财务制度，明确资金的审批流程和使用规范，防止内部人员擅自挪用资金。
及时咨询法律专业人士：
- 如果公司面临资金使用方面的法律问题或纠纷，应及时咨询法律专业人士，以便及时采取措施维护自身权益。
进一步思考：公司在处理自建房预付款等资金问题时，应始终遵循合法、合规的原则，确保资金的使用符合合同约定和法律法规要求。如有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询，以便获得专业的法律意见和指导。