分公司用自筹资金建设的商品房抵付总公司的债务，这一行为在法律上是否合法，主要取决于多个因素，包括债务的性质、抵债行为的程序合法性以及是否损害了其他债权人的利益等。以下从几个关键角度进行分析：

1. 债务性质与抵债行为的合法性：

   • 如果分公司与总公司之间的债务是合法有效的，且双方同意通过商品房抵债的方式来解决债务问题，那么这一行为在债务性质上是合法的。
   • 抵债行为应当遵循自愿、公平、等价有偿的原则，确保抵债的商品房价值与所抵债务的价值相当，避免出现显失公平的情况。

2. 抵债行为的程序合法性：

   • 分公司作为总公司的分支机构，虽然具有一定的经营自主权，但在进行重大资产处置（如用商品房抵债）时，通常需要遵循总公司的内部决策程序，并可能需获得总公司的授权或批准。
   • 如果抵债行为涉及第三方利益（如商品房的购房者、抵押权人等），则需要确保这些第三方的合法权益不受损害，并可能需要获得他们的同意或履行相关告知义务。

3. 是否损害其他债权人利益：

   • 如果分公司用商品房抵债的行为导致其他债权人的债权无法得到清偿或受到损害，那么这一行为可能面临法律上的挑战。
   • 根据相关法律规定，债务人不得以明显不合理的低价转让财产、以明显不合理的高价受让他人财产或者为他人的债务提供担保，影响债权人的债权实现。如果抵债行为符合这些情形，其他债权人有权请求人民法院撤销该行为。

4. 具体操作中的注意事项：

   • 在进行商品房抵债时，应签订详细的抵债协议，明确双方的权利义务、抵债商品房的具体信息、抵债金额、交付时间等关键条款。
   • 确保抵债的商品房产权清晰，无争议，并办理相关的产权过户手续，以避免后续产生产权纠纷。
   • 如果抵债行为涉及税务问题（如契税、增值税等），应依法履行纳税义务，避免因税务问题导致抵债行为无效或产生其他法律风险。

总结与建议：

• 分公司用自筹资金建设的商品房抵付总公司的债务，在债务性质合法、程序合规且不损害其他债权人利益的前提下，是合法的。
• 在进行此类抵债行为时，建议双方签订详细的抵债协议，并咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保抵债行为的合法性和有效性。
• 如果抵债行为涉及复杂的法律问题或存在潜在的法律风险，建议及时寻求法律帮助，以避免后续产生不必要的法律纠纷。

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