结论：甲方代发工资时，一般应代发乙方申报上去的所有工人的工资，不可以仅代发部分工人（即申报上去但实际未发放工资的工人以外的工人）的工资，除非存在特殊情况且符合法律规定及双方约定。
分析说明：
代发工资的基本原则：
- 代发工资通常意味着甲方作为第三方，根据乙方的指令或双方之间的协议，向乙方指定的工人支付工资。这一过程中，甲方应遵循诚实信用原则，按照乙方的申报和指示进行支付。
- 如果乙方已经向甲方申报了所有应发放工资的工人名单，那么甲方在代发工资时，应确保这些工人的工资都得到支付，除非双方有特别约定或存在法律上的例外情况。
特殊情况下的处理：
- 双方约定：如果甲方和乙方在代发工资协议中明确约定了，甲方可以仅代发部分工人的工资（例如，仅代发那些已经实际提供劳动的工人的工资，而排除那些虽申报但未实际提供劳动的工人），那么这种约定是有效的，甲方可以按照约定执行。但这样的约定必须明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定。
- 法律例外：在某些特殊情况下，如工人存在严重违反劳动纪律、规章制度或法律法规的行为，且乙方已经依法解除了与这些工人的劳动合同，那么甲方在代发工资时，可以依据乙方的指示，不支付这些被解除劳动合同工人的工资。但这种情况需要严格的法律程序和证据支持。
法律后果：
- 如果甲方未经乙方同意，擅自改变代发工资的范围，仅代发部分工人的工资，而拒绝支付其他已申报工人的工资，那么甲方可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
- 同时，如果这种行为给乙方或工人造成了损失，甲方还可能需要承担赔偿责任。
建议与行动：
- 对于甲方：在代发工资前，应仔细审查乙方的申报和指示，确保代发工资的范围符合双方约定和法律法规的规定。如果存在任何疑问或不确定之处，应及时与乙方沟通并寻求明确指示。
- 对于乙方：应确保向甲方提供的工人名单和工资信息准确无误，并明确指示甲方代发工资的范围。如果需要对代发工资的范围进行变更或调整，应及时与甲方沟通并达成一致意见。
- 对于工人：如果发现自己的工资未被代发或代发金额有误，应及时与乙方或甲方联系并查询原因。如果问题无法得到解决，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，代发工资可能涉及复杂的法律关系和利益平衡。因此，建议甲方和乙方在签订代发工资协议时，明确约定各自的权利和义务、代发工资的范围和条件、违约责任和争议解决方式等条款，以避免潜在的纠纷和风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。