交通运输部门对疑似超限车辆拒不配合时，可以采取以下强制措施：
依法扣留车辆：
- 根据《中华人民共和国公路法》及相关规定，交通运输部门有权对疑似超限且拒不配合检查的车辆进行扣留。这是为了确保公路安全，防止超限车辆继续行驶可能带来的安全隐患。
- 扣留车辆后，交通运输部门会进行进一步的调查和处理，如要求车主或驾驶员提供相关证件、进行车辆称重等。
强制卸载超限部分货物：
- 如果经检测确认车辆超限，且车主或驾驶员拒不配合卸载超限部分货物，交通运输部门有权强制卸载。这是为了恢复车辆的合法载重状态，确保公路安全。
- 强制卸载过程中，交通运输部门会确保货物的安全，并尽量减少对车主或驾驶员的损失。
罚款与记分：
- 对于拒不配合检查的超限车辆，交通运输部门除了扣留车辆和强制卸载外，还会根据相关法律法规对车主或驾驶员进行罚款。罚款的数额会根据超限的严重程度、拒不配合的情况等因素进行确定。
- 同时，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》等相关规定，车主或驾驶员的违法行为还可能被记分，影响其驾驶证的审验和使用。
移送公安机关处理：
- 如果车主或驾驶员的行为构成妨碍公务等违法行为，交通运输部门有权将其移送公安机关处理。公安机关会根据相关法律法规对违法行为人进行处罚，如拘留、罚款等。
法律背景与建议：
- 法律背景：超限运输不仅损害公路基础设施，还严重影响交通安全。因此，我国相关法律法规对超限运输有严格的限制和处罚措施。交通运输部门作为公路管理的主管部门，有权对疑似超限车辆进行检查和处理。
- 建议：对于车主或驾驶员来说，应严格遵守相关法律法规，不得超限运输。在遇到交通运输部门的检查时，应积极配合，提供相关证件和资料。如果认为检查或处理存在不当之处，可以通过合法途径进行申诉或维权，但不得拒不配合或采取暴力、威胁等手段阻碍执法。
可能后果：
- 如果车主或驾驶员拒不配合交通运输部门的检查和处理，可能会面临车辆被扣留、货物被强制卸载、罚款、记分甚至被移送公安机关处理等后果。这些后果不仅会给车主或驾驶员带来经济损失，还可能影响其声誉和驾驶证的使用。
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