货运车辆超限运输不配合调查处理时，相关部门确实可以采取强制措施。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律依据
根据《中华人民共和国公路法》以及《公路安全保护条例》的相关规定，对于超限运输的车辆，公路管理机构有权进行检查，并可以要求车辆停放在指定地点接受调查处理。如果车辆驾驶人拒绝接受检查或者不配合调查处理，公路管理机构有权采取相应的强制措施，如扣留车辆等，以确保调查处理的顺利进行。
强制措施的具体实施
扣留车辆：在车辆驾驶人拒绝接受检查或者不配合调查处理的情况下，公路管理机构可以依法扣留车辆。这是为了防止车辆继续违法行驶，造成更大的安全隐患，同时也是为了保障调查处理的顺利进行。
其他强制措施：除了扣留车辆外，公路管理机构还可以根据具体情况，采取其他必要的强制措施，如要求车辆驾驶人提供相关证件、资料等，或者对车辆进行必要的检测、鉴定等。
法律后果
行政处罚：如果车辆驾驶人因超限运输且不配合调查处理而被采取强制措施，除了可能面临车辆被扣留等直接后果外，还可能受到行政处罚，如罚款、记分等。这些处罚的目的是为了惩罚违法行为，维护交通秩序和安全。
刑事责任：在极端情况下，如果车辆驾驶人的超限运输行为造成了严重的交通事故或者其他严重后果，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
实际操作建议
配合调查：对于货运车辆驾驶人来说，当遇到公路管理机构的检查时，应当积极配合调查处理，提供必要的证件和资料，接受必要的检测和鉴定。这样不仅可以避免不必要的法律纠纷和损失，还可以维护自己的合法权益。
了解法律：货运车辆驾驶人应当了解相关的法律法规和规章制度，明确自己的权利和义务。在行驶过程中，要严格遵守交通规则和安全操作规程，确保行车安全。
寻求法律帮助：如果货运车辆驾驶人对公路管理机构的调查处理有异议或者认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。
综上所述，货运车辆超限运输不配合调查处理时，相关部门可以依法采取强制措施。货运车辆驾驶人应当积极配合调查处理，了解相关法律法规和规章制度，确保行车安全并维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。