在行政诉讼中，若您对行政机关提交的证据认可，但对办案程序不认可，法院的判决将主要基于程序合法性的审查结果来作出。以下是对此问题的详细分析：
一、程序合法性的重要性
在行政诉讼中，程序合法性是法院审查行政行为是否合法的重要方面。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，行政行为必须遵循法定程序，否则可能被视为违法。因此，即使您对行政机关提交的证据认可，但如果认为其办案程序存在违法之处，法院仍需对程序合法性进行审查。
二、法院对程序违法性的审查
审查范围：
- 法院将审查行政机关在作出行政行为时是否遵循了法定程序，包括但不限于立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出决定等环节。
审查标准：
- 法院将依据相关法律法规和规章，判断行政机关的程序是否合法、公正、透明。如果行政机关的程序存在瑕疵或违法，法院将认定其行政行为违法。
审查结果：
- 如果法院认定行政机关的程序违法，即使您对证据认可，法院也可能判决撤销或变更该行政行为，或者确认该行政行为违法。这是因为程序违法可能影响到行政行为的公正性和合法性，从而损害您的合法权益。
三、不同情况下的判决结果
程序轻微违法，对权利不产生实际影响：
- 在某些情况下，虽然行政机关的程序存在轻微违法，但并未对您的权利产生实际影响。此时，法院可能会判决确认行政行为违法，但不予撤销。这是因为撤销该行政行为可能对社会公共利益或他人合法权益造成不必要的损害。
程序严重违法，对权利产生实际影响：
- 如果行政机关的程序严重违法，且对您的权利产生了实际影响，法院将更有可能判决撤销或变更该行政行为。这是因为严重的程序违法已经损害了您的合法权益，必须通过撤销或变更行政行为来予以纠正。
四、您的应对策略
充分准备证据：
- 虽然您对行政机关提交的证据认可，但仍需准备相关证据来支持您对程序违法的指控。这可以包括行政机关的程序文件、通知、记录等。
明确指出程序违法点：
- 在诉讼过程中，您需要明确指出行政机关在办案程序中存在的违法点，并说明这些违法点如何影响了您的合法权益。
积极配合法院审查：
- 您需要积极配合法院对程序合法性的审查工作，提供必要的协助和说明。这有助于法院更全面地了解案情，作出公正的判决。
温馨提示：在行政诉讼中，程序合法性是法院审查行政行为是否合法的重要方面。如果您对行政机关的办案程序不认可，即使对其提交的证据认可，也应积极向法院提出程序违法的指控，并准备相关证据来支持您的主张。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。