违建已入住被停水停电是否合法，需分情况讨论：
行政机关采取的停水停电措施：
- 一般情况不合法：根据《行政强制法》的相关规定，行政机关不得对居民生活采取停止供水、供电、供热、供燃气等方式迫使当事人履行相关行政决定。这意味着，如果行政机关直接对违建房屋采取停水停电措施，通常是不合法的，因为这侵犯了居民的基本生活权益。
- 例外情况：然而，如果行政机关在作出强制执行决定前，已经催告当事人履行义务，并且当事人逾期仍不履行，且行政机关在强制执行决定中已经明确告知将采取停止供水、供电等措施，同时在实施前又进行了公告，那么在这种情况下，行政机关采取停水停电措施可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要严格遵循法定程序。
供水供电企业采取的停水停电措施：
- 基于合同关系：供水供电企业与用户之间通常存在供用水、电合同关系。如果用户存在欠费或其他违约行为，供水供电企业有权根据合同约定采取停水停电措施。
- 与违建无关：但需要注意的是，如果供水供电企业仅因房屋是违建而采取停水停电措施，这是不合法的。因为违建问题属于行政机关的管辖范围，供水供电企业无权直接对此进行干预。供水供电企业只能基于合同关系或法律授权（如法院执行裁定）来采取停水停电措施。
法律后果与建议：
- 对于行政机关：如果行政机关违法采取停水停电措施，当事人有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求行政机关承担相应的法律责任。
- 对于供水供电企业：如果供水供电企业违法采取停水停电措施，用户有权要求其恢复供水供电，并可以依法追究其违约责任或侵权责任。
- 建议：对于违建房屋的业主来说，如果面临停水停电的情况，首先应当了解停水停电的原因和主体。如果是行政机关采取的措施，可以要求其出示相关的法律文书和程序依据；如果是供水供电企业采取的措施，可以要求其出示合同或法律授权文件。同时，业主也可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，违建已入住被停水停电是否合法，取决于采取措施的主体和程序是否合法。如果行政机关或供水供电企业未遵循法定程序或法律授权而采取停水停电措施，那么这种行为通常是不合法的。业主在面对这种情况时，应当了解自己的权益和法律途径，必要时寻求法律帮助。