维护打官司军人合法权益的主要部门是军队的保卫部门、军事法院以及地方司法机关（如地方人民法院、人民检察院），具体处理方式需结合案件性质和管辖权限来确定。以下是详细说明：

1. 军队保卫部门
   若军人涉及刑事案件（如被侵害或涉嫌犯罪），军队保卫部门会介入调查。根据《刑事诉讼法》及《中国人民解放军保卫部门刑事案件管辖规定》，保卫部门负责军人犯罪案件的侦查、拘留、预审等工作，同时也会协助军人维护自身合法权益（如遭受不法侵害时协助取证、报案）。

2. 军事法院
   军事法院专门审理军人涉及的刑事、民事案件。若案件双方均为军人（如婚姻纠纷、合同纠纷），或案件与军事行动、军事秘密相关，通常由军事法院管辖。军人可通过军事法院提起诉讼或应诉，其审判程序与地方法院类似，但会考虑军人职业特殊性（如执行任务期间的诉讼中止、延期等）。

3. 地方司法机关

   • 地方人民法院：若案件一方为非军人（如军人与地方人员发生民事纠纷），或案件性质不属于军事法院管辖范围（如普通交通事故、房产纠纷），则由地方人民法院审理。军人可委托律师或自行向法院起诉，法院会依法保障其诉讼权利。
     
   • 地方人民检察院：若军人认为司法机关在案件处理中存在违法行为（如刑讯逼供、超期羁押），可向地方人民检察院申请法律监督，检察院会依法介入调查。

4. 法律援助与特殊保护

   • 法律援助：根据《法律援助法》，军人因经济困难或其他原因无法委托律师时，可向军队法律援助中心或地方法律援助机构申请免费法律服务。
     
   • 特殊保护：军人因执行任务无法出庭时，可向法院申请延期审理；若涉及国家秘密或个人隐私，案件可依法不公开审理。

处理建议：

• 若军人作为原告或被告，建议优先通过所在部队政治工作部门（如保卫科、法律顾问处）协助处理，他们可提供法律咨询、协调司法机关或代为申请法律援助。
  
• 若案件已进入诉讼程序，军人需及时提交证据、委托律师（如有需要），并主动与法院沟通执行任务等特殊情况，以确保诉讼权利不受影响。
  

如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我会结合案情进一步分析。