占用基本农田进行设施农业建设的，乡镇政府一般无权直接处理，但有权上报并配合相关部门进行查处，具体处理方式和依据如下：
一、乡镇政府的权限与职责
上报与配合：
- 乡镇政府在发现占用基本农田进行设施农业建设的行为时，虽然无权直接作出处罚决定，但应当及时将情况上报给县级以上人民政府土地行政主管部门（如自然资源局），并配合相关部门进行调查和处理。
宣传与教育：
- 乡镇政府可以在其职责范围内，对村民进行土地管理法律法规的宣传和教育，提高村民的法律意识，预防类似违法行为的发生。
二、处理依据与流程
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
- 占用基本农田进行设施农业建设，若未经批准或违反相关规定，即属于上述条款中的“擅自在耕地上建房”等破坏种植条件的行为，应由县级以上人民政府相关部门进行查处。
处理流程：
- 调查取证：县级以上人民政府土地行政主管部门在接到乡镇政府的上报后，会组织人员进行调查取证，确认违法事实。
- 责令改正：根据调查结果，相关部门会责令违法者限期改正，恢复土地原状或采取其他补救措施。
- 处罚决定：若违法者拒不改正或情节严重，相关部门会依法作出处罚决定，包括罚款、没收违法所得等。
- 执行与监督：处罚决定作出后，相关部门会监督违法者执行处罚决定，确保土地得到恢复或补救。
三、特殊情况与注意事项
设施农业建设的合法性：
- 如果设施农业建设符合当地土地利用总体规划和农业发展规划，且已经依法办理了相关审批手续，那么这种建设行为是合法的，不受上述处理流程的限制。
乡镇政府的越权行为：
- 乡镇政府若未经授权或违反法定程序，擅自对占用基本农田进行设施农业建设的行为进行处理，如强行拆除、罚款等，属于越权行为，可能引发行政诉讼或行政复议等法律后果。
建议：如果您或您所在的村庄遇到了占用基本农田进行设施农业建设的问题，建议首先向乡镇政府反映情况，并要求其上报给县级以上人民政府土地行政主管部门。同时，您也可以直接向县级以上人民政府土地行政主管部门咨询或举报相关违法行为。在处理过程中，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。