刑事案件立案后，在特定条件下是可以变更管辖机关的。这一结论主要基于我国刑事诉讼法的相关规定以及司法实践中的操作。以下从几个方面进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，刑事案件的管辖主要遵循地域管辖和级别管辖的原则。然而，在特定情况下，如案件涉及多个地区、案件性质复杂或需要上级法院指导等，管辖机关是可以进行变更的。这通常涉及到管辖权的转移或指定管辖。
管辖权转移：上级人民法院在必要的时候，可以审判下级人民法院管辖的第一审刑事案件；下级人民法院认为案情重大、复杂需要由上级人民法院审判的第一审刑事案件，可以请求移送上一级人民法院审判。这种转移通常发生在上下级法院之间，且需要基于案件的特殊性和审判需要。
指定管辖：对管辖不明确或者有争议的刑事案件，可以由有关人民法院协商。协商不成的，由共同的上级人民法院指定管辖。此外，对于有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的，也可以请求移送上一级人民法院管辖。上一级人民法院可以管辖，也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。
二、实际操作
在实际操作中，变更管辖机关通常涉及以下步骤：
提出申请：需要变更管辖的法院或当事人（如被告人、被害人等）可以向有管辖权的上级法院提出变更管辖的申请。
审查决定：上级法院会对申请进行审查，考虑案件的性质、复杂程度、影响范围以及审判资源等因素，决定是否同意变更管辖。
通知相关方：一旦决定变更管辖，上级法院会通知原管辖法院、新管辖法院以及案件当事人等相关方。
移送案卷：原管辖法院会将案卷材料移送至新管辖法院，以便新法院继续审理案件。
三、注意事项
变更管辖的合理性：变更管辖应当基于合理的理由，如案件涉及多个地区、案件性质复杂或需要上级法院指导等。不能随意变更管辖，以免影响案件的公正审理和当事人的合法权益。
当事人的权益保障：在变更管辖过程中，应当充分保障当事人的合法权益，如知情权、参与权等。当事人有权对变更管辖提出异议，并有权要求法院对异议进行审查并作出决定。
审判效率的考虑：变更管辖应当考虑审判效率，避免因为管辖变更而导致案件审理周期过长或审判资源浪费。
举例说明：假设某起刑事案件原本由A地法院管辖，但由于案件涉及B地的重要证据或证人，且A地法院认为由B地法院审理更为合适，那么A地法院可以向其上级法院提出变更管辖的申请。上级法院在审查后，如果认为变更管辖合理且必要，就会决定将案件移送至B地法院审理。
综上所述，刑事案件立案后，在特定条件下是可以变更管辖机关的。如果你或你身边的人遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。