结论前置：双方协商解除合同后，劳动者在特定条件下仍然可以申请劳动仲裁。这主要取决于协商解除的过程及协议内容是否存在法律瑕疵、未履行的争议事项，以及是否遵守了仲裁时效的规定。
一、可以申请仲裁的情形
存在欺诈、胁迫或乘人之危：
- 如果公司在与劳动者协商解除劳动合同时，采取了欺诈、胁迫或利用劳动者的困境迫使其签订解除协议，那么该协议可能被视为无效。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，劳动合同无效或者部分无效。劳动者有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁，请求撤销该协议，恢复劳动关系，或要求公司支付相应的赔偿。
协议内容存在重大误解或显失公平：
- 当协商解除的协议内容存在重大误解，即劳动者对协议的重要内容有错误认识，或者协议中的权利义务明显不对等、显失公平时，劳动者可以在一定期限内申请仲裁，请求变更或撤销该协议。例如，如果公司利用劳动者对法律规定不熟悉，给予的经济补偿远低于法定标准，劳动者就有权提出仲裁。
公司未履行协商内容：
- 如果协商解除劳动合同后，公司未按照协议的内容履行相关义务，如未按时支付经济补偿金、加班工资或其他劳动报酬，劳动者可以通过仲裁来维护自己的权益，要求公司履行协议约定的义务。
涉及未明确协商的劳动争议事项：
- 若协商解除时未处理某些劳动争议事项，如加班工资、奖金等，劳动者离职后可就此单独申请仲裁，要求支付相应报酬。
二、不可以申请仲裁的情形
- 如果协商解除劳动合同是双方真实意愿的体现，且协议内容符合法律规定，不存在上述可撤销或争议的情形，并且双方已经按照协议履行了各自的义务，那么劳动者再申请仲裁通常不会被支持。因为在这种情况下，仲裁机构会认为双方已经通过协商解决了所有争议。
三、仲裁时效
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这一时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在发现自己的权益受到侵害时，应及时收集证据并在仲裁时效内提起仲裁申请。
四、具体建议
- 保留证据：在协商解除劳动合同的过程中，劳动者应保留所有相关证据，包括劳动合同、工资单、工作记录、协商过程中的书面或电子沟通记录等，以支持自己的主张。
- 仔细阅读协议：在签订解除协议前，劳动者应仔细阅读并理解协议的所有内容，特别是关于经济补偿、劳动报酬、加班工资等重要劳动权益的约定。如果发现协议中存在不公平或不合理的条款，应及时提出并与公司进行协商修改。
- 及时行动：如果劳动者认为自己的权益受到了侵害，应及时采取行动，包括收集证据、咨询法律意见，并在仲裁时效内向仲裁机构提起仲裁申请，以维护自己的合法权益。
综上所述，双方协商解除合同后，劳动者在特定条件下仍然可以申请劳动仲裁。劳动者应充分了解自己的权益和仲裁的相关规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。