学校收取违约金是否合法，需根据具体情况判断，核心在于合同条款的约定以及违约金的性质、数额与适用条件是否符合法律法规。以下是对此问题的全面分析：

一、违约金的合法性基础

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时支付一定数额的违约金或损失赔偿额的计算方法。这表明，在法律上，学校与学生之间约定违约金是被允许的，但需满足以下条件：

1. 双方自愿原则：合同中的违约金条款应是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情况。
2. 不违反法律法规：违约金条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则该条款无效。

二、违约金的合理性要求

1. 数额合理：违约金的数额应当与实际损失相当，不应过高或过低。过高的违约金可能导致合同显失公平，而过低的违约金则可能无法起到约束作用。根据《民法典》的相关规定，如果约定的违约金过分高于或低于实际损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当调整。
2. 调整机制：法律允许在违约金数额不合理时，通过诉讼或仲裁途径进行调整，以确保合同的公平性和合理性。

三、违约金的适用条件

1. 存在违约行为：违约金的支付以一方违约为前提。若学生未出现违约行为，则无需支付违约金。
2. 合同约定明确：合同中必须明确约定违约金条款，包括违约金的数额、支付方式及适用情形等。若合同未约定或约定不明确，则不能要求学生支付违约金。

四、特殊情形下的违约金处理

1. 格式条款问题：如果学校提供的是格式合同，且其中的违约金条款存在不合理地免除其责任、加重学生责任或限制学生主要权利等情形，该条款可能因显失公平而无效。
2. 退费扣违约金：在学校退费过程中扣除违约金是否合理，取决于合同条款的约定。若合同中明确规定了退费需扣除违约金的条款，且该条款合法有效，则学校在退费时扣除违约金是合理的。否则，单方面扣除违约金可能构成违约行为。

五、实际操作建议

1. 审查合同条款：学生在签订合同时，应仔细审查合同中的违约金条款，确保其合法、合理且明确。
2. 协商与沟通：若学生对违约金有疑问或认为不合理，首先应与学校进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
3. 法律途径：协商不成的，学生可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。在这些程序中，法院或仲裁机构将根据法律法规和合同条款的具体内容来判断违约金的合法性和合理性。

举例说明：假设某学校与学生签订了一份培训合同，合同中明确约定了若学生中途退学需支付一定数额的违约金。若学生确实中途退学了，且该违约金条款合法有效，那么学生就需要按照合同约定支付违约金。反之，若合同中未约定违约金条款或该条款因违法而无效，则学生无需支付违约金。

综上所述，学校收取违约金的合法性取决于多个因素的综合考量。学生在签订合同时应充分了解并明确相关条款，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。