结论：农商行房贷当天存钱晚了没有自动扣款，半夜12点以后手动支付是否会逾期，这主要取决于贷款合同中的具体约定以及银行的实际扣款操作情况，一般情况下，若在还款日当天完成支付，通常不会直接视为逾期，但具体还需看合同条款和银行规定。以下从不同角度进行分析：

1. 贷款合同约定：

   • 首先，需要仔细查阅您与农商行签订的房贷合同。合同中通常会明确规定还款日、还款方式以及逾期还款的相关条款。
   • 如果合同中明确规定了还款日当天必须自动扣款成功，或者规定了具体的扣款时间点（如下午5点前），而您未能在该时间点前确保账户内有足够资金供自动扣款，那么即使您在半夜12点以后手动支付，也可能因未满足合同约定的还款条件而被视为逾期。
   • 如果合同中并未明确规定具体的扣款时间点，或者允许在还款日当天内完成还款，那么您在半夜12点以后手动支付，只要确保支付成功且银行能够确认收款，通常不会被视为逾期。

2. 银行实际操作：

   • 除了合同约定外，银行的实际操作也会影响是否逾期。有些银行在还款日当天会进行多次扣款尝试，如果第一次扣款失败，可能会在后续时间点再次尝试扣款。
   • 如果您在半夜12点以后手动支付，且银行在该时间点或之后能够确认收款，那么即使之前自动扣款失败，也可能不会被视为逾期。但这也取决于银行的具体操作流程和规定。

3. 逾期后果与沟通：

   • 即使因特殊情况导致还款稍有延迟，也建议尽快与银行沟通说明情况，以避免不必要的逾期记录和罚息。
   • 逾期还款可能会影响您的个人信用记录，进而影响您未来的贷款申请和信用卡办理等。因此，务必重视还款的及时性。

建议：

• 为了避免类似情况再次发生，建议您在还款日前提前将足够资金存入还款账户，并确保账户状态正常（如未冻结、未挂失等）。
• 如果确实因特殊原因导致还款延迟，请尽快与银行沟通并说明情况，争取银行的理解和支持。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。