结论：农商银行房贷当天23点存入未扣款，第二天扣款是否算逾期需分情况判断，但多数情况下不构成实质性逾期，但需注意合同约定和银行操作规则。

以下是具体分析：

1. 合同约定优先
   房贷合同中通常会明确约定还款日的扣款规则（如“还款日当日24点前足额存款即视为按时还款”或“银行在还款日当天特定时段扣款，未扣到则次日补扣”）。若合同明确允许次日补扣且不视为逾期，则您的行为不构成违约；若合同明确要求“还款日当日必须扣款成功”，则可能被认定为逾期，但实践中银行极少因技术性延迟直接认定逾期。

2. 银行实际操作规则
   多数银行（包括农商银行）的房贷扣款系统会设置“多次扣款”机制：

   • 首次扣款：通常在还款日当天白天（如上午9点至下午5点）进行；
     
   • 补扣：若首次扣款失败，银行会在还款日当晚或次日凌晨再次尝试扣款；
     
   • 宽限期：部分银行对房贷有1-3天的宽限期（需以合同为准），即使次日扣款成功，只要在宽限期内，也不计逾期。
     

若您的银行属于此类操作模式，且次日扣款成功，一般不算逾期。

1. 逾期认定的关键：是否产生逾期记录
   即使银行次日扣款，仍需关注是否向央行征信系统报送逾期记录：
   
   • 若银行在次日扣款后未报送逾期，则不影响征信；
     
   • 若银行因系统规则或人工操作失误报送逾期，您可向银行提出异议申请，要求修正征信记录（根据《征信业管理条例》，银行需在20日内核查并回复）。
     

建议行动：

1. 立即联系农商银行客服：确认您的房贷合同中关于扣款时间、逾期认定的具体条款，并询问本次扣款是否已被系统记录为逾期；
   
2. 保留存款凭证：保存还款日23点的存款记录（如银行流水、手机银行截图），作为证明您按时履约的证据；
   
3. 关注征信报告：若担心影响征信，可在次月通过央行征信中心官网查询个人信用报告，确认是否有逾期记录。
   

总结：单次因存款时间较晚导致次日扣款，通常不会直接导致严重后果，但需以合同和银行规则为准。若有进一步疑问或遇到银行不合理认定逾期的情况，可直接向我咨询，我会结合具体条款为您分析。