若生效判决后发现存在两个不同版本的合同，可按以下步骤处理：

1. 立即审查判决基础与合同版本差异
   首先需明确判决所依据的合同版本（如庭审中提交的版本），并详细对比两个版本的差异内容（如标的、价款、履行期限、违约责任等核心条款）。若差异条款直接影响判决结果（例如判决认定的付款金额与另一版本合同不符），则可能构成“新证据”或“判决错误”，为后续救济提供依据。

2. 根据差异性质选择救济途径

   • 若差异涉及关键事实且未被法院审查：
     可依据《民事诉讼法》第207条（原第179条）申请再审，主张“有新的证据，足以推翻原判决”。需注意：再审申请需在判决生效后6个月内提出，且需证明新证据（另一版本合同）在原审中因客观原因无法取得，或原审未质证导致事实认定错误。
     
   • 若差异属于合同解释或履行争议：
     若判决已对合同条款作出明确解释（如认定某条款为格式条款），而另一版本合同显示双方实际约定不同，可通过执行异议程序主张“判决无法执行”，或另行起诉要求确认合同效力（如主张另一版本为最终版本）。
     
   • 若涉及合同伪造或欺诈：
     若发现一方伪造合同版本（如篡改签字、日期），可向公安机关报案追究刑事责任，同时依据《民法典》第148条主张撤销合同，并申请再审纠正判决。

3. 同步固定证据与程序操作

   • 证据固定：对两份合同的形成时间、签署过程（如笔迹鉴定、邮件往来记录）进行取证，证明哪一版本为双方真实意思表示。
     
   • 程序衔接：若申请再审，需同步向法院提交《再审申请书》及新证据；若涉及刑事犯罪，需在报案后将《立案通知书》作为再审材料提交，以增强再审理由的充分性。

风险提示：若两份合同差异仅涉及非核心条款（如违约责任计算方式），且不影响判决结果，法院可能驳回再审申请。此时需评估通过和解、执行和解等方式调整履行方案，或另行主张损害赔偿的可行性。

建议：尽快携带两份合同原件、判决文书及形成差异的相关证据（如谈判记录、邮件等）来所详谈，我将结合具体条款差异与判决内容，制定最优救济方案。