自建民房改小作坊是否违法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法性情况
证照齐全：
- 若自建民房改为小作坊后，依法向工商行政管理部门申请登记，领取了营业执照，并根据实际需要办理了食品经营许可证（如涉及食品加工）、环保审批等手续，这是合法经营的基本前提。
环保达标：
- 小作坊在生产过程中应确保噪声、废气、废水、固体废物等污染物排放符合国家和地方规定的标准。通过采取有效的隔音、净化设备等措施，减少对居民生活环境的污染和影响，这也是合法经营的重要条件。
遵守物业与合同：
- 业主或经营者需遵守所在小区的物业管理规定，以及与房屋出租方的租赁合同约定。若小区规约或合同中未禁止开设小作坊，且经营活动不违反相关规定，则在此方面合法。
符合规划和使用性质：
- 自建民房若原本按居住用途规划，但需改变为经营性用房（如小作坊），应经相关部门批准，并征得有利害关系的业主一致同意。若满足这些条件，则改变房屋使用性质是合法的。
违法性情况
无照经营：
- 若未办理营业执照擅自从事经营活动，将违反《无证无照经营查处办法》，面临责令停止违法行为、没收违法所得及罚款等处罚。
违反环保规定：
- 若小作坊的污染物排放超标，对居民生活环境造成污染，将违反《中华人民共和国水污染防治法》等环保法律法规，可能面临责令改正、限制生产、停产整治及罚款等处罚。
影响居民生活：
- 若生产经营活动产生的噪声、异味、粉尘等干扰居民正常生活秩序，将违反《中华人民共和国环境噪声污染防治法》，受影响的居民有权要求停止侵害并赔偿损失。
改变房屋使用性质：
- 若未经批准擅自将住宅改变为经营性用房，将违反《中华人民共和国民法典》等相关规定，有利害关系的业主可请求排除妨害、消除危险、恢复原状或赔偿损失。
建议与指导
在将自建民房改为小作坊前，务必充分了解当地法律法规和政策规定，确保经营活动合法合规。你可以咨询我，以获取准确的法律意见和指导，避免不必要的法律风险。同时，应积极与物业、邻居沟通协商，确保经营活动得到理解和支持。若涉及改变房屋使用性质，还需特别注意征得有利害关系的业主一致同意，并办理相关审批手续。
总之，自建民房改小作坊的合法性取决于多个因素，包括证照办理、环保要求、物业及合同约定，以及规划和房屋使用性质等。在做出决定前，请务必进行充分的法律研究和咨询。