结论：扫描件的合同本身是可以被“修改”的，但这种修改在法律上可能不具有合法性，且会带来一系列法律风险。接下来，我将从多个角度详细分析这个问题。
一、扫描件合同的法律性质
扫描件合同，作为合同原件的复制件，其法律性质主要取决于其能否真实、完整地反映合同原件的内容。在法律上，扫描件合同若满足一定条件（如双方认可、内容真实完整、无篡改等），是可以被视为有效合同的。然而，这并不意味着扫描件合同可以随意修改。
二、扫描件合同的修改风险
证明力减弱：
- 修改后的扫描件合同，其证明力会大大减弱。在法律纠纷中，如果一方对合同内容提出异议，修改后的扫描件可能无法作为有效证据来支持你的主张。
- 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，无法与原件核对的复制件不能单独作为认定案件事实的根据。因此，修改后的扫描件合同在证明合同真实性方面会面临很大困难。
法律责任风险：
- 如果你未经对方同意擅自修改扫描件合同，并试图以此作为履行合同的依据，这可能构成违约或欺诈行为。一旦被发现，你可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿对方因此遭受的损失。
- 在某些情况下，修改扫描件合同甚至可能构成刑事犯罪，如伪造证据等。
合同效力争议：
- 修改后的扫描件合同可能导致合同效力产生争议。如果双方对合同内容存在分歧，且无法提供其他有效证据来支持各自的主张，法院可能无法认定合同的真实性和合法性，从而影响合同的履行和纠纷的解决。
三、合法修改扫描件合同的建议
双方协商一致：
- 如果你需要对扫描件合同进行修改，必须首先与对方协商一致，并确保修改后的内容得到双方的认可和确认。这可以通过签订补充协议或修改原合同的方式来实现。
保留修改痕迹：
- 在修改扫描件合同时，应保留修改痕迹，如使用修订模式或标注修改部分等。这样可以在必要时证明修改的合法性和真实性。
及时补签纸质合同：
- 为了增强合同的证明力和法律效力，建议在修改扫描件合同后及时补签纸质合同，并由双方签字、盖章确认。这样可以确保合同的合法性和有效性得到更好的保障。
遵守法律法规：
- 在修改扫描件合同时，必须遵守相关法律法规的规定，如不得违反法律法规的强制性规定、不得违背公序良俗等。否则，修改后的合同可能无效或面临法律责任风险。
四、总结与建议
扫描件的合同虽然可以被“修改”，但这种修改必须合法、合规，并得到双方的认可和确认。为了降低法律风险和确保合同的合法性和有效性，我建议你：
- 在可能的情况下，优先使用合同原件进行签署和存档；
- 如果必须使用扫描件合同，应确保扫描件的真实性、完整性和未经篡改；
- 如果需要对扫描件合同进行修改，必须与对方协商一致，并保留修改痕迹；
- 及时补签纸质合同，以增强合同的证明力和法律效力；
- 严格遵守相关法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。
如果你在处理扫描件合同或合同修改方面遇到任何法律问题或困惑，欢迎随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。