结论：法院判决信用卡逾期只还本金后，若银行表示不能开结清证明而需按豁免流程走，这通常意味着银行对部分债务进行了豁免处理，并需按照特定流程来确认和记录这一豁免。以下是对此问题的详细解释和建议：
一、豁免流程的含义
豁免定义：豁免，在法律上通常指的是债权人（在此为银行）放弃对债务人（信用卡持卡人）的部分或全部债权。在信用卡逾期的情境下，如果银行同意只要求持卡人偿还本金，而放弃利息、滞纳金等其他费用，这即构成对部分债务的豁免。
豁免流程：豁免流程是银行内部用于处理此类债务豁免的程序。它可能包括债务评估、豁免决策、文件准备、内部审批、与持卡人沟通确认以及最终记录豁免等步骤。由于这是银行内部的流程，因此具体步骤可能因银行而异。
二、为何不能开结清证明而需按豁免流程走
结清证明的含义：结清证明是银行出具给持卡人的文件，证明持卡人已全额偿还了信用卡欠款（包括本金、利息、滞纳金等所有费用）。在正常情况下，持卡人偿还全部欠款后，银行会出具结清证明。
豁免情况下的特殊处理：然而，在银行同意只要求持卡人偿还本金的情况下，由于持卡人并未偿还全部欠款（如利息、滞纳金等未偿还），因此银行无法出具传统的结清证明。此时，银行需要通过豁免流程来确认和记录对部分债务的豁免，并可能出具一份特殊的文件或记录来表明持卡人的债务状况。
三、持卡人应如何应对
与银行沟通：首先，持卡人应与银行进行详细沟通，了解豁免流程的具体步骤和所需文件。银行应能提供关于豁免流程的明确指导，包括需要提交的文件、审批时间等。
确认豁免内容：持卡人应确保与银行就豁免的具体内容（如豁免的金额、期限等）达成一致，并要求银行提供书面确认。这是为了保护持卡人的权益，避免未来因豁免内容不明确而产生纠纷。
关注信用记录：持卡人还应关注自己的信用记录。虽然银行同意豁免部分债务，但这一豁免可能仍会在持卡人的信用记录中留下痕迹。持卡人可以定期查询自己的信用报告，确保信用记录的准确性。
保留相关文件：最后，持卡人应妥善保留与豁免流程相关的所有文件，包括与银行的沟通记录、豁免确认文件等。这些文件在未来可能作为证明持卡人债务状况的重要依据。
四、可能的法律后果
债务豁免的效力：一旦银行完成豁免流程并确认对部分债务的豁免，这一豁免即具有法律效力。持卡人无需再偿还被豁免的债务部分。
未来信用影响：虽然豁免可能减轻持卡人的当前债务负担，但它也可能对持卡人的未来信用产生一定影响。银行和其他金融机构在评估持卡人的信用时，可能会考虑这一豁免记录。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。