结论概述：货车挂靠公司后贷款未还清，若将车卖给挂靠公司，是否需要支付违约金，这主要取决于挂靠合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下将从合同约定、法律规定及实际操作建议三个角度进行详细分析。
合同约定角度：
- 违约金条款：首先，需要仔细审查挂靠合同中是否有关于贷款未还清时转让车辆需支付违约金的条款。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定履行。
- 合同解除或转让条款：同时，也要查看合同中是否有关于合同解除或车辆转让的条款，以及这些条款是否对贷款未还清的情况有特别规定。
法律规定角度：
- 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务，包括违约金的支付。但违约金的约定应当合理，不得过分高于或低于实际损失。
- 贷款合同关系：货车贷款未还清，涉及的是贷款合同关系。在贷款合同中，通常会有关于贷款未还清时车辆转让的限制性条款。如果未经贷款人同意擅自转让车辆，可能构成违约，需要承担相应的违约责任。但这一责任与挂靠合同中的违约金责任是两个不同的法律关系。
- 挂靠合同效力：挂靠合同本身如果合法有效，且不违反法律法规的强制性规定，那么合同中的条款对双方具有约束力。但如果挂靠合同存在违法或无效的情形，如欺诈、胁迫等，那么合同中的违约金条款也可能被认定为无效。
实际操作建议：
- 协商沟通：在决定将车辆卖给挂靠公司之前，建议先与挂靠公司进行协商沟通，了解其对贷款未还清情况下车辆转让的态度和意见。如果挂靠公司同意接收车辆，并愿意承担贷款余额或协商解决违约金问题，那么可以达成一致并签订书面协议。
- 审查合同：在协商过程中，务必仔细审查挂靠合同和贷款合同中的相关条款，确保自己的权益不受损害。如果合同中存在不明确或模糊的条款，可以要求挂靠公司或贷款人进行解释或补充。
- 法律咨询：如果双方无法就车辆转让和违约金问题达成一致，或者对合同条款的理解存在争议，建议咨询专业律师（即我，韩翔律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、经济纠纷领域）进行法律分析和建议。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助你维护自己的合法权益。
总结与进一步思考：货车挂靠公司后贷款未还清，将车卖给挂靠公司是否需要支付违约金，是一个涉及合同约定和法律规定的问题。在处理此类问题时，建议先审查合同条款、了解相关法律法规，并与挂靠公司进行协商沟通。如果无法达成一致或存在争议，可以寻求专业律师的帮助。如果你有具体的合同条款或案件情况需要咨询，可以直接向我提问。