企业员工因职务侵占被批捕后，其工资处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 劳动关系存续期间的处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，员工被依法追究刑事责任的，用人单位可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。但需注意：

   • 批捕≠定罪：批捕是刑事诉讼中的强制措施，此时员工尚未被法院判决有罪。若用人单位仅以“批捕”为由解除合同，可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。
     
   • 建议操作：用人单位可暂停发放工资（但需继续缴纳社保），待法院判决生效后，若员工被认定有罪，再依法解除合同并停缴社保；若判决无罪，则需补发工资并恢复劳动关系。

2. 工资发放的例外情形

   • 非全日制员工：若员工为非全日制用工，用人单位可随时终止用工，无需支付经济补偿，但需结清已提供劳动的报酬。
     
   • 集体合同或规章制度约定：若企业与工会或员工签订的集体合同、内部规章制度中明确规定“员工被批捕后暂停发放工资”，且该条款不违反法律强制性规定，可按约定执行。但需注意：此类条款需经民主程序制定并公示，否则可能无效。

3. 工资与违法所得的区分
   职务侵占的违法所得（即侵占的公司财产）与工资是不同性质的法律关系：

   • 工资：是员工提供劳动的合法报酬，即使员工涉嫌犯罪，用人单位仍需支付其实际提供劳动期间的工资（除非合同解除或终止）。
     
   • 违法所得：需通过刑事追缴或民事赔偿程序返还给公司，与工资发放无关。用人单位不得以“抵销违法所得”为由扣发工资。

实务建议：

• 用人单位应避免在批捕阶段直接解除合同，可先中止劳动关系（如停职检查），待法院判决后处理；
  
• 若需暂停发放工资，建议通过书面通知员工并说明理由，保留相关证据；
  
• 若员工被判无罪，用人单位需及时补发工资并恢复劳动关系，否则可能面临劳动仲裁风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。