合同专用章盖在支付申请表上，在多数情况下是具有法律效力的，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
合同专用章的法律效力
- 合同专用章是专门用于签订合同的印章，它代表了公司对合同内容的认可和承诺。在法律上，合同专用章与公章具有同等的法律效力，只要加盖了合同专用章，就视为公司对合同内容的确认。
- 支付申请表虽然不是合同本身，但如果是基于合同而产生的支付请求，且支付申请表的内容与合同内容相符，那么加盖合同专用章可以视为对支付请求的确认。
支付申请表的性质与盖章效力
- 支付申请表通常是合同履行过程中的一个环节，用于向对方申请支付合同款项。如果支付申请表的内容明确、具体，且符合合同约定的支付条件，那么加盖合同专用章可以视为公司对支付申请的正式回应和确认。
- 然而，如果支付申请表的内容存在模糊、不明确或与合同内容不符的情况，那么仅凭加盖合同专用章可能不足以证明公司对支付申请的完全认可。此时，可能需要结合其他证据（如合同文本、双方沟通记录等）来综合判断。
实际操作中的注意事项
- 在使用合同专用章时，应确保印章的真实性和合法性。避免使用伪造、变造或过期的印章，以免产生法律纠纷。
- 加盖印章前，应仔细核对支付申请表的内容，确保其与合同内容相符且符合支付条件。如有疑问或不确定之处，应及时与对方沟通并确认。
- 保留好加盖印章的支付申请表原件及相关证据，以备不时之需。在发生纠纷时，这些证据将有助于证明您的权益和主张。
可能存在的风险与应对
- 如果对方对支付申请表上的合同专用章提出异议或质疑其真实性，您可能需要提供其他证据来证明印章的真实性和合法性，如印章备案证明、用印记录等。
- 如果支付申请表的内容存在争议或不符合合同约定，您可能需要与对方进行协商或寻求法律途径解决纠纷。在此过程中，保持冷静、理性并寻求专业法律帮助是非常重要的。
总结与建议：合同专用章盖在支付申请表上在多数情况下是具有法律效力的，但具体效力需结合实际情况判断。为了确保您的权益得到保障，建议您在使用合同专用章时谨慎操作，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。