事故认定书注明“自行协商”的，保险依然有效，但能否理赔需结合具体情况判断。以下是详细分析：

1. 保险合同效力不受影响
   事故认定书中“自行协商”的表述，仅说明双方对事故责任达成一致，未通过交警部门出具正式责任认定书。但保险合同的效力取决于投保时是否符合法定条件（如如实告知、按时缴费等），与事故处理方式无关。只要保险合同有效，保险公司就需按约定承担理赔责任。

2. 理赔关键：协商内容是否符合保险条款

   • 若协商结果与保险责任匹配：例如双方确认甲全责，而甲投保了交强险和商业三者险，则保险公司需在保额内赔偿乙的损失。
     
   • 若协商内容超出保险范围：如双方约定“各自承担己方损失”，但某方未投保车损险，则保险公司无需赔偿该方自身损失；或协商中存在“免除保险公司责任”的条款（如放弃对第三方的追偿权），可能影响理赔。

3. 保险公司可能拒赔的情形

   • 协商过程存在瑕疵：如一方被迫协商、协商内容显失公平（如全责方无赔偿能力却被要求承担全部责任），保险公司可能以“责任认定不合理”为由拒赔。
     
   • 未及时报案或提供材料：根据《保险法》第21条，投保人需在事故发生后48小时内通知保险公司。若因自行协商未及时报案，导致保险公司无法查勘定损，可能被拒赔。
     
   • 存在保险免责事由：如酒驾、无证驾驶等违法行为，即使协商认定责任，保险公司也可依据免责条款拒赔。

4. 实务建议

   • 保留协商证据：书面协商记录、录音、照片等，证明协商过程合法合规。
     
   • 及时通知保险公司：无论是否协商，均需在事故后第一时间报案，配合查勘定损。
     
   • 核对保险条款：确认协商内容是否在保险责任范围内，避免因误解导致拒赔。
     
   • 谨慎签署协议：若协商涉及“一次性了结”“后续互不追究”等条款，需明确是否包含保险理赔权益的转让，必要时咨询律师。

总结：自行协商不影响保险效力，但理赔需以协商内容合法、符合保险条款为前提。若遇保险公司拒赔，可依据《保险法》及合同约定主张权利，必要时通过诉讼解决。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。