结论：农民工工资不让满勤是否合法，需根据具体情况判断，若用人单位无正当理由扣减满勤工资，则不合法；若因农民工自身原因未满勤，用人单位按实际出勤天数支付工资，则合法。以下从不同角度详细分析：
一、用人单位无正当理由扣减满勤工资不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”
法律分析：
- 满勤工资是劳动者在正常出勤情况下应得的劳动报酬，用人单位无正当理由不得扣减。
- 若用人单位以“不让满勤”为由扣减工资，实际上是对劳动者劳动报酬的克扣，违反了上述法律规定。
建议：
- 农民工应保留好劳动合同、工资条等证据，证明用人单位存在扣减满勤工资的行为。
- 可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣减的工资。
二、因农民工自身原因未满勤，用人单位按实际出勤天数支付工资合法
法律依据：
- 虽然直接的法律条文可能并未明确提及“因自身原因未满勤，按实际出勤天数支付工资”，但根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》中关于工资支付的原则，工资应与劳动者的实际出勤和劳动成果相对应。
法律分析：
- 若农民工因个人原因（如请假、旷工等）未满勤，用人单位按照实际出勤天数支付工资，是合理的。
- 这种情况下，用人单位并未克扣或无故拖欠工资，而是根据劳动者的实际出勤情况进行了调整。
建议：
- 农民工应了解自己的出勤情况，并与用人单位确认工资计算方式。
- 若对工资计算有异议，可与用人单位协商，或寻求劳动监察部门或劳动仲裁机构的帮助。
三、特殊情况下的工资支付
病假、事假等：
- 若农民工因病假、事假等未满勤，用人单位应按照相关规定和劳动合同约定支付工资。
- 一般情况下，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，事假工资则可能根据用人单位的规定进行扣减。
法定节假日、休息日：
- 法定节假日和休息日是劳动者的休息时间，用人单位应支付工资或安排补休。
- 若农民工在这些时间未出勤，但并非因个人原因（如用人单位安排加班但未支付加班费），则用人单位仍应支付相应工资。
总结与提醒：农民工工资不让满勤是否合法，需根据具体情况判断。若用人单位无正当理由扣减满勤工资，则不合法；若因农民工自身原因未满勤，用人单位按实际出勤天数支付工资，则合法。在处理此类问题时，农民工应保留好相关证据，了解自己的权益和用人单位的规定，必要时可寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。