关于员工社保由第三方公司代缴是否合法的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、合法性判断的核心要素
第三方的资质：
- 合法代缴的前提是第三方机构必须依法设立，并取得从事社保代缴业务的相关资质，如人力资源服务许可证。这是确保代缴行为合法性的基础。
社保缴纳地与员工工作地的一致性：
- 社保缴纳应遵循属地管理原则，即员工应在其实际工作地缴纳社保。若公司委托第三方在异地为员工缴纳社保，且这种异地缴纳并非基于员工实际工作地点等合理因素，而是出于降低社保缴纳成本等不正当目的，则可能违反社保属地管理原则，损害员工在当地享受社保待遇的权益。
是否存在虚构劳动关系：
- 公司与员工之间必须存在真实的劳动关系，这是缴纳社保的基础。若公司通过虚构劳动关系的方式为非本公司员工缴纳社保，如为了让某些人享受当地的购房、落户等政策而违规代缴，这种行为不仅违反了社保法律法规，还可能构成骗保等违法行为。
二、合法情形下的代缴
集团公司统一委托：
- 对于大型集团公司而言，为便于管理和提高效率，可能会统一委托第三方机构为下属子公司的员工在当地缴纳社保。这种做法在符合法律法规和当地社保政策要求的情况下，是被视为合法的。
业务外部化与效率提升：
- 公司将部分保险业务进行外部化处理，以提高管理效率和专业水平。这种外部化处理需要建立在合法合规的基础上，不能损害员工的合法权益。例如，公司选择有资质的第三方机构代缴社保，并确保员工社保的按时足额缴纳。
三、不合法情形下的代缴及法律后果
违法情形：
- 委托无资质的第三方代缴社保。
- 社保缴纳地与员工工作地不一致，且非基于合理因素。
- 虚构劳动关系代缴社保。
法律后果：
- 根据《社会保险法》的相关规定，以欺诈、伪造证明材料或者其他手段骗取社会保险基金支出或社会保险待遇的，由社会保险行政部门责令退回骗取的社会保险金，并处骗取金额二倍以上五倍以下的罚款。因此，企业若存在违法代缴社保的行为，将面临严重的法律后果。
四、建议
企业方面：
- 应严格按照法律规定为员工缴纳社保，确保员工的合法权益得到保障。
- 若确实需要委托第三方代缴社保，应选择信誉良好、具备合法资质的代理机构，并确保代缴过程的合法合规性。
- 定期对社保缴纳情况进行自查，确保不存在违法违规行为。
员工方面：
- 应了解自己的社保缴纳情况，包括缴纳地、缴纳基数等。
- 若发现企业存在违法行为，如委托无资质的第三方代缴社保、社保缴纳地与工作地不一致等，应及时向有关部门举报并维护自己的合法权益。
综上所述，员工社保由第三方公司代缴的合法性取决于多个因素，包括第三方的资质、社保缴纳地与员工工作地的一致性以及是否存在虚构劳动关系等。企业在选择社保代缴方式时务必谨慎遵守法律法规，以避免不必要的法律风险。