结论：公司大股东同时担任总经理的情况下，并不能直接否决小股东担任副总经理的全部申请，这取决于公司章程的具体规定以及股东会、董事会的决策程序。
分析说明：
公司章程的约定：
- 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的组织结构、管理方式、股东权利与义务等核心内容。如果公司章程中明确规定了总经理对副总经理的任命或否决权，那么大股东作为总经理，其否决权将受到公司章程的约束和保护。
- 反之，如果公司章程中没有此类规定，或者规定得较为模糊，那么大股东作为总经理就不能单方面否决小股东担任副总经理的申请。
股东会与董事会的决策程序：
- 在公司治理结构中，股东会和董事会是决策机构，它们负责审议和决定公司的重大事项，包括高级管理人员的任命。
- 如果小股东担任副总经理的申请需要经过股东会或董事会的审议和批准，那么大股东作为总经理并不能直接否决这一申请，而是需要通过股东会或董事会的决策程序来决定。
大股东与小股东的权益平衡：
- 在公司法中，大股东和小股东的权益应当得到平衡和保护。大股东虽然拥有较多的股权和话语权，但并不能滥用其地位来损害小股东的合法权益。
- 如果大股东作为总经理无理否决小股东担任副总经理的申请，且这一行为违反了公司章程或法律法规的规定，那么小股东有权通过法律途径来维护自己的权益。
法律建议：
- 对于公司而言，应当在公司章程中明确规定高级管理人员的任命和否决程序，以避免因程序不清而引发的纠纷。
- 对于大股东而言，应当尊重公司章程和法律法规的规定，不得滥用其地位来损害小股东的合法权益。在行使否决权时，应当有充分的理由和依据，并遵循公司章程和决策程序的规定。
- 对于小股东而言，如果其担任副总经理的申请被无理否决，可以通过法律途径来维护自己的权益，如向股东会或董事会提出异议、寻求法律援助等。
可能后果：
- 如果大股东滥用否决权，违反公司章程或法律法规的规定，可能会面临法律责任和声誉损失。
- 如果小股东的合法权益受到损害，其可能会通过法律途径来寻求救济，如提起诉讼或申请仲裁等。这将对公司的正常运营和股东关系产生不利影响。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。