小股东通常不能直接否决总经理奖惩制度，但具体能否否决取决于公司章程、股东会或董事会的决策机制以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

一、公司章程与决策机制

1. 公司章程的约定：公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的组织结构、股东权利与义务、决策机制等重要事项。如果公司章程中明确规定了总经理奖惩制度的制定、修改或废止需要经过股东会或董事会的特定程序，并且小股东在该程序中拥有否决权（例如，特定比例的表决权要求），那么小股东就有可能通过行使表决权来否决总经理奖惩制度。

2. 股东会或董事会的决策：在大多数情况下，总经理奖惩制度的制定、修改或废止是由股东会或董事会决定的。如果小股东在股东会或董事会中拥有足够的表决权（例如，达到或超过三分之一、二分之一或三分之二等），并且相关决策需要达到特定的表决比例才能通过，那么小股东就有可能通过行使表决权来影响或否决该制度。然而，如果小股东的表决权不足以影响决策结果，那么他们就无法直接否决该制度。

二、相关法律法规

1. 《公司法》的规定：根据《公司法》的相关规定，股东会或股东大会是公司的权力机构，有权决定公司的经营方针和投资计划等重大事项。同时，董事会负责执行股东会的决议，并有权决定公司的经营计划和投资方案等。总经理奖惩制度通常属于公司经营管理的范畴，因此其制定、修改或废止可能受到《公司法》的规范。然而，《公司法》并未直接规定小股东能否否决总经理奖惩制度，而是将这一权力交给了公司章程和股东会或董事会的决策机制。

2. 其他法律法规：除了《公司法》外，还可能存在其他与总经理奖惩制度相关的法律法规，如劳动法、劳动合同法等。这些法律法规可能规定了奖惩制度的合法性、合理性以及程序要求等。如果总经理奖惩制度违反了这些法律法规的规定，那么小股东可以通过法律途径来维护自己的权益，但这并不意味着他们可以直接否决该制度。

三、实际操作与建议

1. 查阅公司章程：小股东应首先查阅公司章程，了解其中关于总经理奖惩制度的制定、修改或废止的规定以及自己的表决权情况。

2. 参与股东会或董事会：小股东应积极参与股东会或董事会的会议，行使自己的表决权，并尝试与其他股东或董事沟通协商，以达成对自己有利的决策结果。

3. 寻求法律帮助：如果小股东认为总经理奖惩制度违反了法律法规或公司章程的规定，或者认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的权益。

总结来说，小股东能否否决总经理奖惩制度取决于公司章程、股东会或董事会的决策机制以及相关法律法规的规定。在实际操作中，小股东应查阅公司章程、参与股东会或董事会会议，并在必要时寻求法律帮助来维护自己的权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。