核心结论：公司员工向供应商借款并已归还这一行为，需从公司管理、员工行为合规性、供应商关系维护及潜在法律风险防范等多个角度综合处理，具体如下：

1. 公司内部管理角度

   • 核实借款性质：首先需明确员工向供应商借款的性质，是个人行为还是代表公司行为。若为个人行为，公司应审查内部规章制度，确认是否违反公司关于员工对外借款、利益冲突或廉洁自律的相关规定。若违反，应依据公司制度进行相应处理，如警告、记过、解除劳动合同等。
   • 完善制度建设：若公司尚未建立相关制度，应尽快制定或完善，明确禁止员工以个人名义向供应商借款，或规定严格的审批流程，以防范类似行为再次发生。

2. 员工行为合规性角度

   • 法律合规性审查：员工向供应商借款，即使已归还，也可能涉及利益输送、商业贿赂等法律风险。公司应审查借款过程是否存在违法违规行为，如是否以借款为名掩盖行贿受贿事实，是否损害公司利益等。若存在违法违规行为，公司应依法处理，并可能需向相关部门报告。
   • 道德风险防范：即使借款行为本身合法，也可能引发道德风险，如员工利用职务之便谋取私利，损害公司声誉。公司应加强员工职业道德教育，提高员工法律意识，防范道德风险。

3. 供应商关系维护角度

   • 沟通与解释：公司应与供应商进行沟通，解释员工借款行为并非公司行为，或已得到公司批准（如适用），以避免供应商对公司产生误解或不满。
   • 建立健康合作关系：公司应借此机会与供应商建立更加健康、透明的合作关系，明确双方的权利义务，避免类似事件再次发生，维护公司商业信誉。

4. 潜在法律风险防范角度

   • 保留证据：公司应要求员工提供借款及归还的相关证据，如借款合同、转账记录等，以备不时之需。
   • 法律风险评估：公司可聘请专业律师对员工借款行为进行法律风险评估，识别潜在的法律风险点，并制定相应的防范措施。
   • 持续监控：公司应建立持续监控机制，对员工与供应商的交往进行定期审查，确保员工行为符合公司规定和法律法规要求。