当员工提交的长期事假书面通知书被驳回时，可以按照以下步骤来处理：
一、了解驳回原因
首先，需要明确领导或单位驳回事假申请的具体原因。这可能是因为单位当前的工作安排、人员配置、业务需求等因素导致无法批准长期事假。了解原因后，可以更有针对性地与单位进行沟通。
二、与单位进行沟通协商
表达请假需求：向领导或单位详细阐述请假的具体原因，如家庭突发情况、个人健康问题等，并说明请假期间的安排和计划，以减轻单位的顾虑。
探讨替代方案：如果单位确实无法批准长期事假，可以探讨是否有其他替代方案，如调整工作时间、远程办公、部分时间休假等，以平衡个人需求和单位的工作安排。
了解单位政策：询问单位是否有关于事假的具体政策或规定，了解单位在审批事假时的具体标准和流程，以便更好地准备后续的申请或申诉。
三、寻求内部调解或仲裁
如果与单位沟通协商无果，可以考虑寻求内部调解或仲裁。根据《人事争议处理规定》等相关法律法规，事业单位与工作人员之间因解除人事关系、履行聘用合同发生的争议，当事人可以协商解决；协商不成的，可以向主管部门申请调解。调解不成的，可以申请人事仲裁。虽然这些规定主要针对人事争议，但其中的协商、调解和仲裁机制同样可以借鉴用于处理事假申请被驳回的争议。
内部调解：可以向单位的人力资源部门或相关负责人提出调解申请，寻求双方都能接受的解决方案。
人事仲裁：如果内部调解无果，可以向有管辖权的人事争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提交相关证据和材料，如请假申请、驳回通知、沟通记录等，以证明自己的请假需求和单位的驳回行为。
四、考虑法律途径
如果仲裁结果仍然无法满足个人需求，且认为单位的驳回行为侵犯了自己的合法权益，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这可能需要咨询专业律师或法律机构，了解具体的法律程序和维权策略。
五、注意事项
保持冷静和理性：在处理此类争议时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的行为或言论，以免加剧矛盾或影响后续处理。
保留证据：在沟通过程中，注意保留相关证据和材料，如请假申请、驳回通知、沟通记录等。这些证据在后续的调解、仲裁或法律程序中可能起到关键作用。
了解法律法规：在处理此类争议时，了解相关的法律法规和政策规定也是非常重要的。这有助于更好地维护自己的权益，并避免因不了解法律而导致的误解或纠纷。
综上所述，当员工提交的长期事假书面通知书被驳回时，可以通过了解驳回原因、与单位进行沟通协商、寻求内部调解或仲裁以及考虑法律途径等方式来处理。希望这些建议能对您有所帮助。