餐饮店不能罚员工迟到1000元。以下从几个角度详细分析这个问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位（包括餐饮店）在制定规章制度时，必须遵循合法、合理、公平的原则，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。罚款作为一种处罚措施，其设定和执行必须严格依法进行，不能随意设定罚款金额。
   • 具体来说，对于员工的迟到行为，用人单位可以依据内部规章制度进行一定的纪律处分，但这种处分应当与员工的过错程度相适应，且不得违反法律关于最低工资、工资支付等规定。罚款1000元对于一般迟到行为来说，显然过于严苛，且可能违反法律关于工资支付的限制。

2. 罚款的合理性：

   • 罚款的合理性取决于多个因素，包括罚款的目的、罚款的金额与员工过错程度的匹配性、以及罚款对员工生活的影响等。在餐饮店等劳动密集型行业中，员工工资往往不高，罚款1000元可能占员工月工资的相当大比例，这对员工来说是不公平的，也可能影响其基本生活。
   • 此外，罚款应当作为最后手段使用，且应当与警告、记过等其他纪律处分措施相结合，形成梯度化的纪律处分体系。单纯依靠高额罚款来管理员工，不仅难以达到预期效果，还可能引发员工的不满和抵触情绪。

3. 可能的法律后果：

   • 如果餐饮店擅自对员工进行高额罚款，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还罚款并支付相应的赔偿。
   • 在极端情况下，如果罚款行为被认定为违法或侵犯员工权益，用人单位还可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

4. 建议：

   • 对于餐饮店等用人单位来说，应当制定合法、合理、公平的规章制度，明确员工的权利和义务以及相应的纪律处分措施。
   • 在处理员工迟到等违纪行为时，应当遵循梯度化纪律处分原则，先给予警告、记过等较轻的处分措施，如果员工仍然不改再考虑给予更严厉的处分。
   • 如果确实需要罚款作为纪律处分措施之一，也应当确保罚款金额合理且符合法律规定的限制条件。

综上所述，餐饮店不能罚员工迟到1000元。如果遇到类似问题或有其他法律疑问，可以直接向我咨询。