迟到一分钟扣半天工资，这种做法通常是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位不能随意扣除劳动者的工资，除非有明确的法律依据或合同约定。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这一规定限制了用人单位扣除劳动者工资的额度和条件，迟到一分钟通常不会给公司造成直接经济损失，因此以此为由扣除半天工资显然超出了法定限额。
二、公司规章制度的合法性
规章制度的制定程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要程序。如果公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示，那么该制度可能不合法。
规章制度的合理性：
- 即便公司有规章制度规定迟到扣工资，但扣半天工资也可能因处罚过重而被认定为不合理。合理的处罚应当与劳动者的过错程度相适应，迟到一分钟与扣除半天工资之间显然存在不合理的比例关系。
三、实际案例与司法实践
- 在司法实践中，法院通常会根据用人单位的规章制度是否合法、合理以及是否经过民主程序制定等因素来判断迟到扣工资的合法性。如果规章制度不合法或不合理，或者未经过民主程序制定，那么法院可能会认定用人单位扣除劳动者工资的行为违法。
四、劳动者的权益保护
协商与投诉：
- 如果劳动者认为公司扣除工资的行为不合法，可以首先与公司协商解决。如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律途径：
- 在极端情况下，如果劳动者的权益受到严重侵害，还可以通过法律途径提起诉讼来维护自己的权益。
五、建议与总结
对于用人单位：
- 建议用人单位在制定规章制度时，确保程序的合法性和内容的合理性。对于迟到等轻微违纪行为，可以采取警告、扣分等更合理的处罚方式，而不是直接扣除大量工资。
对于劳动者：
- 如果遇到不合理的扣工资行为，应勇敢站出来维护自己的权益。可以先与公司协商，协商无果后再向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，迟到一分钟扣半天工资的做法通常是不合法的。用人单位在制定规章制度时应确保合法性和合理性，并严格按照法律规定执行扣款行为。劳动者在面对此类不合法扣薪时，应积极维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。