公司房产租给其儿子公司，在符合法律规定和公司章程的情况下是合法的。不过，这一行为是否合法，还需从多个角度进行详细分析：
一、法律层面
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，公司有权自主决定将其房产出租给谁，包括其儿子公司，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，租赁合同即有效。
关联交易规定：
- 如果公司与其儿子公司之间存在关联关系，那么这一租赁行为可能构成关联交易。根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，关联交易应当遵循公平、公正、公开的原则，不得损害公司及其他股东的利益。因此，在进行关联交易时，公司应确保交易价格的合理性，避免利益输送，并可能需要按照公司章程或相关法律法规的规定进行披露或审批。
税务合规性：
- 租赁行为还涉及税务问题。公司应确保按照税法规定申报和缴纳相关税费，如房产税、增值税等。同时，如果租赁价格明显偏低且无正当理由，税务机关有权进行纳税调整。
二、公司章程层面
- 除了法律层面的规定外，公司还应检查其章程中是否有关于关联交易、资产处置等方面的特别规定。如果公司章程对这类交易有额外的审批或披露要求，那么公司应遵守这些规定，以确保交易的合法性和合规性。
三、实际操作建议
完善租赁合同：
- 双方应签订详细的租赁合同，明确租赁期限、租金、支付方式、维修责任等条款，以避免未来可能出现的纠纷。
进行合规审查：
- 在进行租赁交易前，公司应进行合规审查，确保交易符合法律、行政法规和公司章程的规定。如果可能涉及关联交易，还应考虑进行利益冲突审查和披露。
保留相关证据：
- 公司应保留与租赁交易相关的所有证据，如合同、支付凭证、审批文件等，以备未来可能出现的审计或法律纠纷。
可能存在的法律后果：
- 如果公司未遵守相关法律法规或公司章程的规定进行租赁交易，可能面临法律纠纷、行政处罚或股东诉讼等风险。例如，如果租赁价格明显偏低且无正当理由，税务机关可能对公司进行纳税调整并加收滞纳金；如果关联交易损害了公司或其他股东的利益，受损方可能提起诉讼要求赔偿。
综上所述，公司房产租给其儿子公司在符合法律规定和公司章程的情况下是合法的，但公司应确保交易符合相关法律法规和公司章程的规定，并进行必要的合规审查和披露。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。