保底工资在符合法律规定和劳动合同约定的情形下是可以被扣除的，但扣除必须合法合理。以下从不同角度为你详细分析：
合法扣除保底工资的情形
- 劳动者违反规章制度
- 如果用人单位有明确、合法且经过民主程序制定的规章制度，并且该规章制度中规定了因劳动者违反规定可以扣除工资的情形及标准。例如，某公司规定员工迟到早退每次扣除当月保底工资的1%，且该规定在公司内部进行了公示，员工也知晓并签字确认。当员工出现迟到早退行为时，公司可以按照规定扣除相应的保底工资。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。虽然这里说的是赔偿经济损失，但用人单位规章制度中合理合法的扣款规定也可参照此精神执行。
- 劳动者未完成工作任务
- 若劳动合同中明确约定了劳动者的工作任务和相应的工资构成，包括保底工资与工作业绩挂钩。例如，销售岗位的劳动合同约定，保底工资为3000元，但要求每月完成一定数额的销售业绩，若未完成，则按照未完成比例扣除部分保底工资。当劳动者未达到约定业绩时，用人单位可以按照合同约定扣除相应工资。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第十七条规定，劳动合同应当具备劳动报酬等条款。用人单位与劳动者在劳动合同中约定工资与工作业绩挂钩是合法的，只要该约定不违反法律法规的强制性规定。
非法扣除保底工资的情形
- 未按照法定程序扣除
- 即使劳动者存在违反规章制度或未完成工作任务等情况，用人单位扣除保底工资也必须按照法定程序进行。例如，用人单位没有事先告知劳动者规章制度的内容，或者在扣除工资前没有与劳动者进行沟通和说明，直接扣除保底工资，这种行为就是非法的。
- 法律后果：劳动者可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令用人单位限期支付被扣除的工资；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
- 扣除比例超过法定标准
- 如前文所述，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果用人单位扣除保底工资的比例超过了这个标准，就是非法的。
- 举例说明：假设当地月最低工资标准为2000元，劳动者当月保底工资为3000元，用人单位因劳动者违反规定要扣除工资，最多只能扣除600元（3000×20%），扣除后劳动者应得工资为2400元，不能低于2000元。如果用人单位扣除1000元，就超过了法定标准。
劳动者应对措施
如果劳动者认为用人单位扣除保底工资的行为不合法，可以采取以下措施：
- 与用人单位协商：首先可以与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明自己的观点和依据，要求用人单位纠正非法的扣款行为。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法进行调查处理。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
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