公司与安装公司签署高空作业免责协议是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
协议内容合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的内容由当事人约定，但不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。高空作业免责协议如果试图完全免除一方因故意或重大过失造成对方人身伤害的责任，或者免除因故意或者重大过失造成对方财产损失的责任，那么这样的条款是无效的。因为这类条款违反了法律的强制性规定，也违背了公序良俗。
- 如果协议中的免责条款是针对一般过失或轻微违约行为的，且没有违反法律的强制性规定和公序良俗，那么这样的条款在法律上是可能被认可的。但需要注意的是，即使这样的条款在法律上有效，也不能完全免除一方在特定情况下的法律责任，比如当存在法定免责事由（如不可抗力）时，双方的责任承担仍需根据法律规定来确定。
协议签订程序合法性：
- 除了协议内容本身需要合法外，协议的签订程序也需要符合法律规定。例如，双方当事人在签订协议时应当具有完全民事行为能力，协议应当是双方真实意思的表示，且不存在欺诈、胁迫等情形。如果协议签订过程中存在这些违法情形，那么协议本身也可能被认定为无效。
实际履行中的合法性：
- 即使协议在内容和签订程序上都是合法的，但在实际履行过程中也需要遵守相关法律法规。例如，高空作业必须遵守安全生产的相关规定，确保作业人员的安全。如果因为一方违反安全生产规定而导致事故发生，那么即使协议中有免责条款，也不能完全免除该方的法律责任。
建议：
- 在签署高空作业免责协议前，双方应当充分了解协议的内容和法律后果，确保协议内容合法、签订程序合法，并在实际履行过程中遵守相关法律法规。
- 如果对协议的法律效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师进行法律分析和风险评估。
可能后果：
- 如果协议内容违法或签订程序违法，那么协议可能被认定为无效，双方需要承担相应的法律责任。
- 如果协议内容合法但实际履行过程中存在违法行为，那么违法方需要承担相应的法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚等。
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