当遇到被申请人不愿意调解的情况时，我们首先要明确的是，调解必须严格遵循自愿原则，这是法律赋予当事人的基本权利。若被申请人明确表示不愿意调解，我们应尊重其意愿，并终止调解程序。接下来，我将根据不同案件类型，为您详细阐述后续的处理方式：
一、民事案件
法院诉讼程序：
- 起诉与立案：您作为申请人，可以向法院提交起诉状及相关证据，法院在审查后，若符合立案条件，将会予以受理。
- 庭前准备：法院会向被申请人送达起诉状副本，并组织双方进行证据交换，为庭审做好准备。
- 庭审：在庭审过程中，双方将有机会陈述事实、出示证据并进行质证。法院将根据审理查明的事实，依法作出判决。
- 判决与执行：若被申请人不履行判决，您有权申请法院强制执行。
仲裁程序（如存在仲裁协议）：
- 若您与被申请人之间存在有效的仲裁协议，您也可以选择向仲裁机构提出仲裁申请，提交仲裁申请书及相关证据。
- 仲裁庭将根据仲裁规则进行审理，并作出具有终局性的裁决。
二、刑事案件（若涉及刑事自诉）
- 侦查阶段：若案件涉及刑事犯罪，且您选择自诉，公安机关等侦查机关将依法进行侦查，收集证据，查明犯罪事实。
- 审查起诉阶段：检察机关将对案件进行全面审查，决定是否提起公诉。
- 审判阶段：若案件进入审判阶段，法院将对提起公诉的案件进行审判，包括法庭调查、辩论等环节，最后作出有罪或无罪的判决，并确定刑罚。
三、行政案件
- 立案受理：若您认为行政行为侵犯了您的合法权益，您可以向法院提起行政诉讼。
- 审理与判决：法院将审查行政行为的合法性、合理性，行政机关需承担举证责任。法院将根据审理情况作出维持、撤销、变更等判决。
四、通用建议
- 尊重法律程序：无论案件类型如何，都应尊重法律程序，按照法律规定的方式和步骤进行。
- 准备充分证据：在诉讼或仲裁过程中，证据是关键。您应尽可能收集并整理好相关证据，以支持您的主张。
- 咨询专业律师：在处理复杂案件时，建议咨询专业律师以获取更全面的法律意见。律师可以根据案件的具体情况和您的实际需求，为您提供有针对性的法律建议和帮助。
综上所述，当被申请人不愿意调解时，您应尊重其意愿，并根据案件性质和所处法律程序阶段，依法选择审判、仲裁或其他合法解决途径。在整个过程中，请保持冷静、理性，并积极配合法律程序，以维护您的合法权益。