如果公司故意扣除员工工资，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司协商：
- 首先，员工可以尝试与公司进行友好协商，了解扣款的具体原因，并表达自己的不满和诉求。在协商过程中，保持冷静和理性，尽量以书面形式记录协商内容和结果，以便后续维权。
收集证据：
- 如果协商无果，员工需要开始收集相关证据，以证明公司存在故意扣款的行为。这些证据可以包括工资条、银行转账记录、公司扣款通知、与上级或人力资源部门的沟通记录等。确保这些证据真实、完整，并能够清晰地展示扣款的事实和原因。
向劳动监察部门投诉：
- 员工可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司纠正违法行为，补发被扣的工资。在投诉时，员工需要提供详细的证据和情况说明，以便劳动监察部门能够准确了解问题并作出处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，或者公司拒绝纠正违法行为，员工可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法审理案件，并作出裁决。在申请劳动仲裁时，员工需要提交仲裁申请书、相关证据和身份证明等材料。
提起诉讼：
- 如果劳动仲裁委员会的裁决结果仍然不满意，或者公司拒绝履行裁决，员工可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司的违法行为，并请求法院判决公司补发工资、支付赔偿金等。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司不得无故扣除员工的工资。如果公司存在故意扣款的行为，员工有权要求公司补发工资，并可能获得相应的赔偿金。
- 在维权过程中，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，要确保自己的言行合法合规，不要因为维权而触犯法律。
- 如果员工对法律程序不熟悉或担心自己无法有效维权，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工更好地维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司被认定存在故意扣款的行为，将可能面临劳动监察部门的处罚、劳动仲裁委员会的裁决或人民法院的判决。这些后果可能包括补发工资、支付赔偿金、罚款等。
- 同时，公司的违法行为还可能对其声誉和信誉造成负面影响，影响公司的长期发展。
总结与进一步思考：
- 故意扣除员工工资是违法行为，员工有权采取多种措施来维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保持冷静和理性，收集充分证据，并遵循法律程序。
- 如果您或您身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。