在双方证据都难以判断案件事实的情况下，法院通常会采取以下措施来处理，以确保判决的公正性和合理性：
依职权调查取证
法院并非完全被动等待双方举证，而是可以主动依职权展开调查。例如，法院可要求双方补充证据材料，或直接向相关单位（如银行、物业公司、行政机关等）调取关键证据（如资金流水、监控录像、审批文件等）。若涉及专业技术问题（如医疗事故鉴定、工程质量检测），法院还可委托专业机构出具鉴定意见，作为裁判依据。
分配举证责任，推定事实
根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院会结合案件性质和双方举证能力，重新分配举证责任。例如，在劳动争议中，若用人单位未提供考勤记录或工资发放凭证，法院可能直接推定劳动者主张的工作时间或工资标准成立；在侵权纠纷中，若被告无法证明自身无过错或已尽到安全保障义务，则可能承担不利后果。这种“举证责任倒置”规则，能有效解决因证据缺失导致的裁判困境。
运用经验法则与逻辑推理
法院会结合日常生活经验、行业惯例或科学原理，对现有证据进行综合分析。例如，在民间借贷纠纷中，若借款人仅抗辩“已还款”但未提供转账记录，而出借人能提供借条原件且借款时间、金额与借款人资金状况吻合，法院可能根据“高度盖然性”标准，认定借款事实存在。这种推理方式虽不要求绝对确定，但需达到“优势证据”程度，即一方证据的证明力明显大于另一方。
调解或促成和解
若证据确实无法还原全部事实，法院可能引导双方通过调解或和解解决争议。调解过程中，法官会结合法律规范、类似案例及双方诉求，提出折中方案（如分期还款、部分赔偿等）。若调解成功，法院会制作调解书并赋予强制执行力；若调解失败，则及时作出判决，避免案件久拖不决。
总结：法院在证据难判时，会通过主动调查、举证责任分配、经验推理及调解等多种方式，尽可能还原事实真相。若仍无法形成内心确信，则会依据“优势证据”原则或公平原则作出裁判。若您遇到类似情况，可直接向我咨询具体案件的应对策略。